吉林水师营博物馆是历史类专题博物馆，隶属于吉林市船营区文化新闻出版和体育局。砖混三层仿古牌楼，博物馆位居东1～2层、西1层。

吉林水师营博物馆坐落在吉林省吉林市船营区德胜路206号，是吉林市“十二五”期间重大文化工程之一。由吉林市船营区人民政府出资建设，展厅建筑面积1000平方米，建筑结构共分两层六个部分，分别是明清吉林水师营的兴起、安珠瑚吉林船厂与建城、康熙东巡检阅水师营、吉林水师营与雅克萨之战、乾隆东巡吉林、吉林水师营结束历史使命六个专题展区。吉林水师营博物馆于2012年6月15日正式对外开放。

2022年4月，吉林省宣布，吉林省A级及以上旅游景区对援吉抗疫英雄5年内不限次数免门票游览，可以携4位家属。

馆内陈列主题鲜明、亮点突出，极具时代感、表现力和感染力。以吉林水师营的兴衰历史为主线，通过图片、景观复原、雕塑、声光电等手段立体直观地展示明清吉林水师营的历史，以及清圣祖康熙皇帝、清高宗乾隆皇帝东巡检阅吉林水师营的壮观场面。一个融教育、博览、旅游、休闲于一体的吉林水师营博物馆以崭新的形象呈现 在游人的面前。

2020年11月，被评为第六届全国文明单位。