吉林百嘉足球俱乐部前身是成立于2011年的长春百和建筑足球队，2016年1月19日吉林百嘉足球俱乐部正式成立，并于1月28日完成注册。吉林百嘉以2016年中国足球协会业余联赛总决赛第5名的身份，递补获得2017年中国足球协会乙级联赛的资格，但在2019赛季后退出中乙联赛。

吉林百嘉足球俱乐部的前身长春百和建筑足球队成立于2011年3月11日，2015年，前身百和建筑足球队获得“我爱足球”中国足球民间争霸赛吉林省决赛11人制冠军，并代表吉林省参加北区决赛，接连击败牡丹江昌建集团和唐山皮革城杀入决赛，但在决赛不敌天津市滨海新区坤晟松足球俱乐部无缘总决赛。

2015年百和建筑与嘉路喜润滑油两家公司筹划投资成立新俱乐部，俱乐部名从两家企业各取一个字取名“百嘉”。

2016年1月19日吉林百嘉足球俱乐部正式成立，并于1月28日完成注册。吉林百嘉以2016年中国足球协会业余联赛总决赛第5名的身份，递补获得2017年中国足球协会乙级联赛的资格。

2019年赛季后，俱乐部退出中乙联赛并解散。