吉林省畜牧业管理局由吉林省牧业管理局更名，为吉林省人民政府部门管理机构，副厅级规格（归
吉林省农业农村厅管理，独立运行），共设置11个内设处室，均为正处级规格。
主要职责
1.贯彻执行国家关于畜牧业（包括畜牧、兽医、兽药、饲料、畜产品质量安全、生鲜乳生产管理，下同）的法律、法规和方针、政策，组织起草畜牧业地方性法规和省政府规章草案，拟订相关政策并监督实施。
2.拟订全省畜牧业发展战略，编制中长期发展规划和年度计划并组织实施；指导畜牧业产业化管理及行业结构和布局调整；负责提出行业投资计划建议，承办行业基本建设、综合开发和财政资金等方面的项目审查工作。
3.负责组织畜禽品种、畜产资源、饲料资源的保护及合理开发利用；指导全省畜禽良种测定、繁殖改良和推广体系建设。
4.承担畜产品质量安全管理工作。组织起草畜产品质量安全管理方面的地方性法规和省政府规章草案，拟订相关政策并组织实施；负责无公害畜产品管理工作；负责畜产品加工业的发展规划、结构布局和综合协调；指导全省畜牧业饲养、加工、销售的一体化经营；负责生鲜乳生产、规划、基地建设的监督管理以及收购站统计等工作。
5.负责全省兽医医政、兽药药政、兽医医疗器械、饲料行政管理和种畜禽、兽药等生产质量的监测、鉴定和执法监督管理；负责兽药饲料残留监控工作；监督实施全省畜牧业标准化生产。
6.负责全省动物防疫、检疫、监督工作；制定动物疫病防治规划；负责动物产品检验检疫；负责制定全省重大动物疫情应急预案，组织实施重大动物疫情的监测、调查、控制、发布、扑灭等应急工作；承担省防治动物重大疫病指挥部的具体工作。
7.根据国家畜牧、兽医行业技术标准，组织拟订地方行业标准和技术规范；负责审核发放种畜禽生产经营许可证、兽用生物制品经营许可证、饲料和饲料添加剂生产许可证、培育新的畜禽品种配套系进行中间试验许可证。
8.制定畜牧业科技教育培训发展规划；组织实施重大科研项目攻关；指导科技推广、教育培训工作和畜牧行业科技队伍建设；负责畜牧业科研和技术推广项目管理工作。
9.负责畜牧业的经济、技术信息工作；负责畜牧行业的对外经济技术交流与合作。
10.负责畜禽屠宰监督管理。
11.负责指导畜禽粪污资源化利用职责。
12.加强承担主管行业领域的安全生产管理，指导督促企事业单位加强安全管理。依照有关法律、法规的规定履行安全生产监督管理职责，开展监管执法工作等职责。
13.加强饲草行业监督管理职责。
14.承办省政府交办的其他事项。
领导分工
分工范围：主持全面工作。
分工范围：协助局长分管行政办公、动物防疫、兽医药政、畜牧兽医信息化和生猪产业集群建设等工作。
分管处室：办公室（行政审批办公室）、防疫监督处、兽医药政处。
分管局直属单位：省动物疫病预防控制中心、省动物卫生监督所、省兽药饲料检验监测所、省牧业信息中心和吉林畜牧兽医杂志社有限公司。
分工范围：协助局长分管规划财务、 质量安全、肉牛产业发展、畜产品加工、梅花鹿和乳品产业集群建设等工作。
分管处室：分管规划财务处、 畜产品质量安全监督管理处（畜牧综合执法处）、肉牛产业促进处（奶业处）、畜产品加工管理处。
分管局直属单位：省肉牛产业促进中心、省畜禽定点屠宰管理办公室。
分工范围：协助局长分管人事、畜牧产业发展、饲料饲草、党建等工作。
分管处室：人事处、畜牧发展处、饲料饲草处（省饲料工作办公室）、机关党委。
分管局直属单位：省畜牧总站、省畜牧兽医科学研究院、省养蜂科学研究所。
分工范围：协助迟俊杰副局长分管有关专项、禽蛋产业集群建设等工作。 协助迟俊杰副局长分管机关党委、省养蜂科学研究所和省长岭种马场。
分工范围：协助孙福余副局长分管肉牛产业发展、牛羊产业集群建设等工作。 协助孙福余副局长分管肉牛产业促进处（奶业处）、省肉牛产业促进中心。
参考资料：（更新于2025年3月）
内设机构
办公室(行政审批办公室)
人事处
规划财务处
畜产品质量安全监督管理处（畜牧综合执法处）
畜牧发展处
肉牛产业促进处（奶业处）
防疫监督处
畜产品加工管理处
兽医药政处
草原饲料处（省饲料工作办公室）
机关党委
人员编制
省畜牧业管理局机关行政编制51名。其中:局长1名、副局长3名,处级领导职数22名(含省首席兽医师、总畜牧师、机关党委专职副书记各1名)。机关工勤人员事业编制5名。
直属单位
1省动物疫病预防控制中心
2省畜牧总站（加挂吉林省畜产品质量安全中心、吉林省种畜品质监督检验中心牌子）
3省动物卫生监督所（加挂吉林省铁路兽医卫生处、吉林省动物卫生安全处理中心牌子，参照公务员法管理单位）
4省畜牧兽医科学研究院
5省兽药饲料检验监测所（加挂省畜产品有害物质残留检测中心的牌子，参照公务员法管理单位）
6省牧业信息中心
7省养蜂科学研究所（加挂吉林省蜂产品质量管理监督站、吉林省蜜蜂遗传资源基因保护中心牌子，驻吉林市）
8省畜禽定点屠宰管理办公室（加挂吉林省畜禽定点屠宰领导小组办公室、吉林省畜禽产品监测站牌子）
9省长岭种马场（驻长岭县）
办公地址
吉林省长春市南关区人民大街1486号吉林省政府三号办公楼5层