同种异体抗原(alloantigen)是存在于人和同种动物的不同个体（同卵孪生者除外）的抗原物质。

当一个个体的细胞或组织进入另一机体时，可引起免疫应答。人类血液中的红细胞血型抗原和白细胞抗原均属此类。例如A型红细胞输入B型机体，B型机体内的抗A抗体能凝集A型红细胞，在补体参与下，导致A型红细胞溶解，发生输血反应。在人类白细胞和其他组织细胞的细胞膜上所具有的人类白细胞抗原，又称组织相容性抗原，除同卵孪生者外，皆不相同。因此在同种异体间进行皮肤及器官移植时，可引起移植排斥反应。