后勤司令部，后勤指挥员实施后勤指挥的机关。
中国人民解放军设有总后勤部司令部,军区(战区)联勤部司令部，以及军兵种后勤部司令部等。有的国家集团军后勤部也设有司令部。其职能是在后勤首长的领导下，组织协调后勤建设与后勤保障，组织领导后勤机关及所属单位的军事行政工作，组织实施后勤指挥等。
军队曾设置的后勤指挥部门。战略、战役后勤指挥的主体。通常包括总后勤部司令部，战区（军区）联勤司令部，军种、兵种后勤司令部等。对加强军队后勤建设和组织后勤保障、后勤防卫具有重要作用。后勤司令部是随着军队后勤机构的演变逐步发展起来的。
第二次世界大战前，世界各国军队后勤保障的职能由早期的将帅幕僚和后来的军队司令部承担。第二次世界大战开始以后，军队后勤指挥职能日益突出，成为军事指挥活动中组织协调后勤保障的重要环节。有的国家军队将后勤机构从司令部编制中分离出来，成立独立的后勤系统，并在战役以上后勤机关设立司令部。1941年8月，苏军后勤机构从总参谋部中分离出来，建立独立的后勤系统，并在总部、方面军、集团军后勤部设立司令部。
中国人民解放军在解放战争后期，有的野战军和军区曾编设后勤司令部机关，具体行使后勤部职能。中华人民共和国成立后，1951年5月，
中国人民志愿军组建后方勤务司令部，随后设立二级司令部（即后勤司令部）。1954年3月，在总后方勤务部组建司令部。随后各军区、海军、空军、第二炮兵后勤部也相继设立司令部。1998年10月，各军区后勤司令部改为联勤司令部。后勤司令部由后勤参谋长领导，通常设办公室、战勤计划、训练、科技、军务、机要、通信、管理等部门，并编设一定数量的参谋人员和技术保障人员。基本任务是：在后勤首长领导下，组织协调后勤建设与后勤保障，组织领导后勤机关及所属部队、分队的部署、调动和军事行政工作，组织后勤训练科研、防卫和通信联络，实施后勤指挥。