含牙囊肿又称滤泡囊肿。发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠之间出现液体渗出而形成含牙囊肿，多来自单个牙胚，临床上见囊肿含一个牙；也可来自多个牙胚，临床上囊肿含多个牙。

表现为纤维囊壁内衬复层鳞状上皮，有的衬里上皮可含黏液细胞或纤维柱状细胞。囊液呈琥珀色，含胆固醇结晶及脱落上皮细胞。在替牙期，恒牙基本形成即将萌出时形成的含牙囊肿也称为萌出囊肿。萌出囊肿的发生与病理表现和含牙囊肿相似，所不同者是囊肿在软组织内而使牙齿萌出受阻。

含牙囊肿发病年龄高峰在10～39岁；在儿童期，含牙囊肿的发生率较其他颌骨囊肿略高。男性患者多于女性。发病部位和年龄有关：10岁以内患者多位于下颌前磨牙，10～20岁患者病变多位于上颌恒尖牙、下颌第三磨牙和下颌第二前磨牙，20岁以上患者病变多位于下颌第三磨牙。

囊肿区可见受累牙未萌出。囊肿生长缓慢，为膨胀性生长，表现和始基囊肿相似。穿刺可得草黄色囊液，在显微镜下可见到胆固醇结晶。

X线表现为圆形或椭圆形透射区，边缘清晰整齐，囊腔内含有牙冠，多为单房性，少数为多房性。

治疗原则为囊肿刮治术。无论上下颌囊肿均可在口内进行手术。手术除去除囊壁外，还需拔除含于囊内的受累牙。但对于儿童萌出期含牙囊肿，当估计患牙可能萌出到正常位置，可打开囊腔，去除上部囊壁，保留患牙，让其自然萌出，其上的牙间隙应用保持器维持，以利其正常萌出。