吴中出口加工区于2005年6月经国务院批准设立，是我国首个设在省级开发区内的国家级出口加工区，也是唯一隶属于区级单位的国家级出口加工区。它由海关监管的特殊区域，海关实行“一次申报、一次审单、一次查验”，24小时通关服务的新通关模式。区内企业不仅享有海关提供的简单、快捷的通关便利，还享有出口加工区和省级经济技术开发区特有的税收等优惠政策。
吴中出口加工区位于
苏州吴中经济开发区河东高新工业园，规划区总面积3平方公里，其中启动区面积1.38平方公里。
吴中出口加工区位于
苏州市绕城高速公路以北，西部紧靠苏嘉杭高速公路，北部距离苏州市工业园区约2公里，东、南部紧临五级行道吴淞江，陆路、水路运输极为便利。