根据自治区党委办公厅、人民政府办公厅《关于印发<吴忠市人民政府职能转变和机构改革方案>的通知》（宁党办〔2014〕58号）精神，设立吴忠市审计局，为吴忠市人民政府工作部门。
职能转变
（一）取消、下放的职责
取消、下放国家、自治区和市政府公布取消、下放的行政审批事项。
（二）调整的职责
将承担的利通区、红寺堡区审计职责分别下放利通区、红寺堡区。
主要职责
（一）贯彻执行有关法律、法规、规章和方针、政策；研究制定审计工作规范和工作制度，组织实施审计工作发展规划和年度审计计划。
（二）负责对市财政收支和审计监督范围内的财务收支的真实、合法和效益进行审计监督。
（三）向市政府提交市本级年度财政预算执行情况和其他财政收支情况的审计结果报告,并受市政府的委托向市人民代表大会常务委员会提出市本级年度财政预算执行情况和其他财政收支情况审计工作报告、审计发现问题的整改落实报告。
（四）负责市本级年度财政预算执行和其他财政收支情况审计；负责对各县（市、区）人民政府和市直各部门（单位）预算的执行情况和决算以及其他财政收支情况进行审计监督；负责对使用财政资金的事业单位财务收支进行审计监督。
（五）负责政府投资和以政府投资为主的建设项目的概预算执行情况和决算审计；负责市属国有及国有资本占控股地位或主导地位的企业的资产、负债和损益状况审计。
（六）负责市政府各部门管理的和其他单位受市政府委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支审计。
（七）负责对市管理的党政领导干部和企事业单位领导人及属于审计监督对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计。
（八）负责组织实施财政预算管理或国有资产管理使用等与国家财政收支有关的特定事项的专项审计调查。
（九）监督检查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题；负责办理审计行政复议、行政诉讼和市人民政府裁决中的有关事项。
（十）指导、监督内部审计、社会审计工作。
（十一）负责领导和监督各县（市、区）审计机关的业务，组织县（市、区）审计机关实施特定项目的专项审计和审计调查，纠正或责成纠正县（市、区）审计机关违规作出的审计决定。
（十二）协助自治区审计厅和各县（市、区）做好审计机关主要负责人的管理工作。
（十三）承办国家审计署、自治区审计厅授权交办的其他审计事项。
（十四）承办市政府交办的其他事项。
内设机构
根据上述职责，市审计局设6个内设机构：
（一）办公室
负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、信息、宣传、保密、财务、人事、政务公开、提案议案办理等工作；负责审计信息网络管理。
（二）财政金融审计科
组织审计市本级年度财政预算执行和其他财政收支情况；组织审计各县（市、区）人民政府和市直各部门（单位）年度财政预算执行、决算和其他财政收支情况；开展相关专项审计调查。
（三）行政农业审计科
组织审计使用财政资金的事业单位财务收支；组织审计市政府各部门和各县（市、区）政府管理的社会保障、社会捐助、社会优抚（救济）、社会福利、住房保障、农林水利、资源环保等资金（基金）；开展专项审计和审计调查。
（四）经贸投资审计科
组织审计市属国有企业、国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益；组织审计市级投资和以国家、自治区投资为主的建设项目的预算执行情况和决算；开展相关专项审计调查。
（五）经济责任审计局
负责草拟经济责任审计发展规划及年度工作计划；负责市经济责任审计工作联席会议有关工作；受市委组织部委托对市各部门、各单位以及其他依法属于审计机关监督对象的其他单位的主要党政领导干部经济责任履行情况进行审计监督。
（六）法规科
负责拟订审计工作规划，安排年度审计计划及审计项目；审理审计报告和审计决定书，检查审计项目质量；组织监督检查全市审计机关和社会审计组织的审计业务质量；组织实施审计普法教育和宣传。
人员编制
市审计局行政编制29名。其中：局长1名，副局长4名（其中1名兼经济责任审计局局长）；科级领导职数6正6副。
机关后勤服务事业编制3名。
所获荣誉
2019年12月，获得“全国审计机关先进集体”荣誉称号。
现任领导
吴忠市审计局局长：马莲