吴清基，台湾师范大学教育博士，台（湾）当局教育主管部门负责人。

吴清基（1951年6月15日－），台湾省台南县佳里镇人，台湾师范大学教育博士，曾担任台（湾）当局教育主管部门技职司长、常务次长、政务次长、台北市副市长等职；2001年曾代表中国国民党与民进党候选人苏焕智竞选台南县长，结果落败。2009年任台（湾）当局教育主管部门负责人，现任台湾教育大学系统总校长。

在马英九台北市长任内担任台当局教育局长，外界大多视吴为马团队的一员。2006年郝龙斌当选市长，吴留任于市府，并在台北市“一纲一本”、“共办基测”政策中扮演重要角色。2009年9月出任台（湾）当局教育主管部门负责人，2012年1月31日，台新一届行政机构负责人陈冲公布新“内阁”名单，吴清基卸任，由台湾“中央大学校长”蒋伟宁接任。