哈佛大学工程与应用科学学院（Harvard School of Engineering and Applied Sciences，缩写HSEAS），成立于2007年9月20日，这是71年前哈佛大学成立肯尼迪政府学院以来首次成立新的学院。物理学家Venkatesh Narayanamurti将担任新学院的首任院长。

哈佛大学校长Drew Faust在成立仪式上致辞说：“新学院的成立表明哈佛认为工程和应用科学是其学术机构非常重要的组成部分。同时，我们认为工程与应用科学拥有巨大的潜能，能够加强哈佛其他很多专业院系之间的联系，帮助它们跨越障碍，变得生机勃勃。” 哈佛大学的工程与应用科学各个专业的历史相当复杂。

早在1847年，哈佛就曾经成立过工学院，当时称劳伦斯科学学院（Lawrence Scientific School）。但是该学院在1906年被解散，因为当时校方认为实际应用型的研究与哈佛偏向基础研究的大方向不协调。后来工程和应用科学各专业使用过各种名称，并于1996年成立了工程与应用科学部。尽管在哈佛校内的行政地位变动频繁，工程与应用科学各专业的研究成绩相当出色。George Washington Pierce 在1919年发明了后来在收音机和电视中广泛使用的晶体振荡器，Howard Aiken等人在1944年发明了世界上第一台大型自动电子计算机Mark I，Nicolaas Bloembergen, Edward Mills Purcell 与Robert Pound等人于1952年发现核磁共振，Purcell因此荣获1952年诺贝尔物理奖。

哈佛大学2015年6月3日宣布，哈佛大学工程与应用科学学院收到来自校友约翰·保尔森一笔高达4亿美元的捐赠。这也是哈佛大学校历史上最大的一笔捐款。哈佛大学3日在其网站首页上发布了这一消息。哈佛大学表示，为纪念他慷慨的捐赠，哈佛大学将把该学院更名为哈佛大学约翰·保尔森工程和应用科学学院。