商丘检验检疫局是涉外行政执法机构，内设办公室、综合业务科、动植检科、工矿产品科、实验室管理科和经ISO/IEC17025认证的河南检验检疫技术中心商丘分中心综合实验室。拥有专业技术检验检疫人员21名，全部大专以上文化程度。涉及机电、化矿、轻工、纺织、动植物、食品、卫生等多种学科，主要检验检疫商品有：铝锭、钢卷尺、进口设备、肠衣、罐头、速冻食品等。
河南检验检疫技术中心商丘局分中心下属两个实验室，国家质检总局打火机检测区域性中心实验室（商丘）和河南商丘出入境检验检疫局综合实验室。截止至2013年1月，现实验面积1100平方米，配有打火机全顶目检测设备、电感耦合等离子体发射光谱仪、
原子吸收分光光度计、原子荧光光度计、
气相色谱仪、
气相色谱-质谱联用仪、
高效液相色谱仪、
离子色谱仪、紫外可见光光度计、氮吹仪、微波消解仪器、低温高速离心机等仪器设备70台（套），价值近700万元。实验室共有6名人员，学历均为本科以上，其中3人研究生为检测相关对口专业毕业，有丰富的检测经验，熟悉国内相关检测方法标准和检测工作流程。
商丘局实验室检测项目包括食品中微生物、添加剂及非法添加剂、农兽药残留，重金属、包装材料、打火机危险品、纺织品等。通过近年来实验室先后多次参加国家认监委组织的能力验证活动，并全部取得满意结果。实验室始终牢记“科学、公平、廉洁、高效”的质量方针，不断提高检测能力和服务水平，持续完善管理体系，做到“以技术执法，凭数据说话”，为政府机构和社会提供广泛的服务。
自1998年建局以来，该局始终按照《
中华人民共和国国境卫生检疫法》、《
中华人民共和国进出口商品检验法》、《
中华人民共和国进出境动植物检疫法》等法律赋予的神圣职责，以服务外经贸发展为己任，以“忠于职守、勇于负责、严格把关、保国安民”为目标，以优质的服务、严谨的作风、过硬的检验检疫能力和快捷的检验检疫方式，为商丘市外经贸发展做出了自己的贡献。
商丘检验检疫局的工作得到了
河南出入境检验检疫局和商丘市委、市政府的充分肯定，先后荣获全国文明行业示范点、省级精神文明单位、省级卫生先进单位、全国青年文明号等荣誉称号。
商丘检验检疫局将继续坚持党的正确领导，深入贯彻落实科学发展观，在河南出入境检验检疫局的领导下，从依法行政、严格把关、服务外贸方面狠抓落实，为促进地方经济快速发展做出新的、更大的贡献。