商科元9岁时被输送到绍兴市体校训练，4年后送入省队，当时他的100米自由泳成绩已经在1分钟以内。被送入省队后，商科元得到了教练朱志根的指导，经过3年的训练，成绩突飞猛进。
2014年5月17日。在2014年全国游泳冠军赛暨亚运会选拨赛中，商科元夺得4×200自由泳接力冠军；接着又在4×100混合泳接力赛中，以3分39秒50的成绩获得冠军，成为嵊州市首个入选亚运会游泳比赛的运动员。
2016年4月5日，在2016年钜派杯
全国游泳冠军赛暨里约奥运选拔赛男子200米自由泳决赛中，商科元以1分47秒94的成绩获得亚军。4月6号，在男子4×200米自由泳接力赛中，由商科元、
汪顺、
李昀琦和
邱子傲组成的组合，以7分13秒19的成绩夺冠。7月18日，
2016年里约热内卢奥运会中国奥运代表团成立，商科元名列出征游泳队运动员名单。11月18日，在2016年
亚洲游泳锦标赛男子4×200自由泳中，由商科元、汪顺、邱子傲和钱智勇组成的组合，以7分14秒67的成绩获得亚军。
2017年4月10日，在2017年全国游泳冠军赛中，由商科元、徐嘉余、洪金龙、钱智勇组成的组合夺得4×200米自由泳的冠军；由商科元、汪顺、何添奇、钱智勇组成的组合夺得4×100米自由泳的亚军；商科元还以3分55秒18的成绩获得男子400米自由泳决赛第六名。
2018年4月16日，在2018年全国游泳冠军赛暨亚运会选拔赛男子4×200米自由泳接力决赛中，与队友密切配合，最终以7分19秒87的成绩夺得冠军，从而获得亚运会参赛资格。8月6日，商科元入选第十八届亚运会中国体育代表团名单。8月20日，在2018年雅加达亚运会男子4×200米自由泳接力中，由商科元、
季新杰、
汪顺、
孙杨组成的组合，以7分05秒45的成绩获得亚军。10月17日，在
2018年全国游泳锦标赛男子4×200米自由泳接力决赛中，由商科元、吴卿风、何俊毅、吕东泽组成的组合，以7分21秒10的成绩获得冠军；在男子200米自由泳决赛中，商科元以1分49秒70的成绩获得第二名。