喀什地区审计局单位性质为行政单位全额拨款，执行会计制度为行政会计制度。
主要职能
（一）贯彻执行国家有关审计工作的方针政策；制定审计规章制度并监督执行情况；组织指导、协调全地区审计机关的业务。
（二）向地区行署报告和地区有关部门通报审计情况，提出制定和完善区域经济调控措施的建议。
（三）依据《中华人民共和国审计法》的规定，直接进行下列审计：
1、对喀什地区本级财政预算执行情况和其他财政收支以及部门决算草案进行审计。
2、对喀什行署各部门、直属事业单位及所属单位的财务收支进行审计。
3、对县市人民政府预算执行情况和决算情况进行审计。
4、对行署有关部门管理的和受行署委托由社会团体管理的社会保障基金、土地、矿产资源、节能减排、生态环境保护资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支进行审计。
5、负责对国有企业的资产、负债和损益状况进行审计。
6、经行署专员授权对地方金融机构的资产、负债和损益状况进行审计。
7、经自治区审计厅授权对国际金融机构、保险机构的资金、负债、损益情况以及对国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支情况进行审计。
8、审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和竣工决算进行审计。对重大建设项目程序、工程管理、工程质量全过程进行跟踪审计和绩效审计。
9、社会审计机构审计的单位依法属于审计机关审计监督对象的，审计机关按照国务院的规定，有权对该社会审计机构出具的相关审计报告进行核查。
10、其他法律法规规定应由地区审计局进行的审计。
（四）向行署提交地区预算执行情况的审计结果报告；受行署委托向地区人大工作委员会提出预算执行情况和其他财政收支审计工作报告。
（五）组织实施对贯彻执行国家财经方针政策和区域经济调控措施情况的行业审计、专项审计和审计调查。
（六）按规定组织对党政领导干部和国有企业法定代表人进行任期经济责任审计；指导县市审计机关对党政领导干部和国有企业法定代表人进行任期经济责任审计。
（七）经国家审计署、自治区审计厅授权对对口援疆建设项目进行跟踪审计和竣工（结算）决算审计。
（八）依法受理被审计单位对审计机关审计决定的复议申请。
（九）与行署、县市人民政府共同领导县市审计机关，协同办理县市审计机关负责人的任免事项。
（十）组织审计干部专业培训；指导、监督、管理内部审计工作和审计学会工作。
（十一）指导和推广信息技术在审计领域的应用，组织建设喀什地区审计信息系统。
（十二）承办地委、行署交办的其他审计事项。
机构人员
编制53人（按照编委文件填报），实有在职人数45人，退休28人，属于一般公共预算财政拨款（补助）开支74人，其中：在职45人，退休28人，离休1人。