嗜盐微生物(halophilic microorganism)是生长的最适盐浓度大于0.2mol/L（氯化物）的微生物。根据微生物对盐的需要可分为非嗜盐微生物、弱嗜盐微生物、中度嗜盐微生物、极端嗜盐微生物。耐盐微生物（halotolerant microorganism）属于非嗜盐微生物，但在较高盐浓度中仍能生长。
在分类学上的独特位置嗜盐菌既不属于真细菌(eubacteria)，也不属于真核生物(eukaryote)，而属于古细菌(archaebacteria)。20世纪70年代以前，人们将生命分为真细菌和真核生物两大类。C.Woese和G.Fox在比较了
核糖体RNA序列的基础上于1997年提出假设:有一种与真细菌(eubacteria)和真核生物都有区别的细菌。起初命名它为archaebacteria，以后改称archaea。古细菌其实不古，它比真细菌还晚150万年，它在外形上与真细菌相似，但在分子水平上却大相径庭。在1996年8月23日出版的Scienee上，Bult等发表了一篇里程碑式的文章。他们首次提出一种archaeon的完整基因组序列，证明它既不是典型的细菌也不是典型的真核生物，而是有些介乎两者之间的生命体。1989年版的Bergcy氏系统细菌手册卷Ⅲ中将古细菌列入/section25，并提出界之上的域(Domain)即真(Euearia)、细菌(Baeteria)、古菌(Archaea)三域嗜盐菌自成一科，下有六个属：
嗜盐杆菌属、嗜盐小盒菌属、
嗜盐富饶菌属、
嗜盐球菌属、嗜盐嗜碱杆菌属、嗜盐嗜碱球菌属。Woese认为嗜盐菌是由厌氧的
产甲烷菌进化而来。嗜盐菌能利用微量的氧合成类
胡萝卜素，这可能是对150万年前开始出现的有氧环境的进化反应。