嗜碱性物质是光镜下看不到粗面内质网，但当细胞质内有大量粗面内质网存在时，细胞质内会出现强嗜碱性染色。又称为动质的结构。例如光镜下神经元胞质内的尼氏小体、浆细胞胞质的嗜碱性物质以及胰腺外分泌细胞胞质的嗜碱性物质等。

在电镜下均可发现这些细胞胞质内有丰富的粗面内质网。出现嗜碱性染色是由于粗面内质网附着的核糖体含有大量嗜碱性的核酸，与膜结构本身无关。一般染色方法由两种染色剂（酸性、碱性）组成，通常细胞核及浆碱性粒体为碱性，细胞浆为酸性。酸性染料可和带正电荷的（碱性）物质结合，这种物质称嗜酸性物质，对酸性染料具有亲和力，因此嗜酸性粒细胞之颗粒本身为碱性物质；碱性染料可和带负电荷的（酸性）物质相结合，这种物质称嗜碱性物质，对碱性染色粒具有亲和力，因此嗜碱性粒细胞之颗粒本身为酸性物质。