四分体分析法是指由于子囊菌减数分裂所形成的四分体包被在一个子囊里，所以判断两个基因是否连锁，只需计算出各种类型的四分体数(即子囊数)。如果其中一个基因所属的连锁群已经知道，便很容易测定另一基因是否属于同一连锁群。四分体有三种，即亲代二型(PD)、非亲代二型(NPD)和四型(T)。

如果有关的两个基因是不连锁的，那么双基因杂交子代中所出现的四分体类型要看这两个基因各自和着丝粒之间是否发生交换而定根据这些关系，可以得到这样的规律:在双基因杂交子代的四分体类型中如果PD数大大地超出 NPD数而且T多而NPD少，那么这两个基因是连锁的，如果PD数和NPD数接近而且T少而NPD多，那么是不连锁的。