四川省自然资源科学研究院是四川省科技厅直属的科研事业单位。于1978年经国家科委和四川省人民政府批准成立，原名“四川省自然资源研究所”，2007年12月更改为现用名。

主要从事自然资源领域的基础研究与应用开发。重点是以四川省自然资源、生态环境与经济社会协调发展为目标，针对国家提出的资源安全、生态文明建设和区域可持续发展需求，在自然资源综合考察与评价规划、区域自然资源开发与保护、资源持续利用、生态环境系统优化、资源信息数据集成、自然科技信息共享等领域开展科学研究，解决社会和谐、绿色、可持续发展过程中面临的相关问题，为政府决策和省、市、县自然资源开发利用提供科学依据。

院内设办公室、党委办（纪检办）、人事处(离退处)、科技处(科技成果转化办公室)、物管处（国资处）、财务处、实验室。

下设峨眉山生物资源实验站、生物生态研究所、猕猴桃研究所、数字资源研究所、种质资源研究所、资源环境研究所等研究单位。

拥有中国－新西兰猕猴桃联合实验室、猕猴桃育种及利用四川省重点实验室、什邡国际科技合作基地、峨眉山植物园、四川省植物资源信息网等科研平台和基地，参加了四川省猕猴桃工程技术中心、重大危险源监测监控四川省重点实验室。

主办的《资源开发与市场》杂志创刊于1985年，在国内外公开发行，为全国中文核心期刊、中国科技核心期刊、中国人文社会科学核心期刊。

四川省生产力促进中心挂牌在四川省自然资源科学研究院，是非营利性科技服务机构。被评为国家级生产力促进中心和国家级技术转移中心。主要从事四川省高新技术发展、生物技术发展、省院省校合作、创新创业活动等辅助管理；为政府与企业提供发展战略性决策咨询及专家服务；面向地方政府、产业园区及企业提供专业化的科技咨询等服务。中心下设创新创业服务中心、高新技术发展中心、生物技术发展中心和科技人才培训中心。是四川省生产力促进中心协会理事长单位、四川省生物技术协会副理事长单位（协会办公室均设在中心）、中国科技成果转化促进联盟副理事长单位、四川省科技孵化服务联盟理事长单位；拥有省级专业技术人员继续教育基地、中国生产力学院四川分院。通过ISO9001质量管理体系认证，具备四川省科技咨询甲级资质。

2021年1月11日，四川省自然资源科学研究院创新创业服务中心被四川省人力资源和社会保障厅、科技厅授予“四川省科技系统先进集体”称号。