西域回回人的医药学堪称发达，元初大批回回人被征调进入中国后，医药学也随之传入。元世祖至元二十九年(1292)，元政府分别在大都(今北京)和上都(
内蒙古正蓝旗)设置回回药物院，研究推广回回医药，并专为宫廷、达官贵族及宿卫炮制回回药物及和剂。由拂林(今叙利亚)人爱薛掌管。回回药物与验方在当时社会上引起普遍重视。在秘书监中还保存有《忒毕医经十三部》(忒毕Tibb，阿拉伯语，意为“医典”)。约有60多种回回药物由中亚传入，可治多科疾病。据《常德西使记》载，中亚的几种特效回回药物和剂方是：阿只儿，状如苦参，治马鼠疮；妇人损胎及打扑内损，用豆许咽之自消。阿息儿，状如地骨皮，治妇女产后衣不下；又治金疮脓不出，嚼碎敷疮上即出脓痊愈。奴哥撒儿，形似桔梗，治金疮。肠与筋断者，嚼碎敷之自续。陶宗仪撰《辍耕录》载，当时回回药物和剂方有的“可治，一百二十种症，每症有汤引”。《元史·百官志》载：“大都、
上都回回药物院二，秩从五品”。设置
达鲁花赤一员，由蒙古人担任，设大使及副使3员，均由西域回回医药学家担任。元英宗至治二年(1322)药物院隶属
广惠司。