双链DNA中含有的两个结构相同、方向相反的序列称为回文结构，每条单链以任一方向阅读时都与另一条链以相 反方向阅读时的序列是一致的，例如5'GGTACC3' 3'CCATGG5'.
回文结构在某些因素作用下，可形成茎环式的
十字形结构和上面提到的发夹结构，这些结构形式都可以互相转变。回文结构普遍存在于细胞的
DNA分子中，它们与
遗传信息表达的调控和
基因转移有关.
Y染色体的5000万个
碱基对中，约有600万个处于回文结构中，使得Y染色体在一定程度上能够自我修复有害的
基因变异。