国家中小企业发展基金有限公司由财政部、
中国烟草、中国人寿等国家部委、国企牵头，其中财政部认缴出资152.5亿元，持股比例42.66%，为第一大股东。
按照中小企业促进法的要求，早在2015年9月，国家中小企业发展基金经国务院常务会议决定设立。2015年12月，国家中小企业发展基金已陆续发起四支有限合伙制子基金，投资了上百个战略性新兴行业的初创优质企业，其中不乏像天眼查、易签宝、海博思创等行业领头羊，四年多来在资本回报与社会价值上都取得良好反馈。
2019年以来，为进一步落实
中共中央办公厅、
国务院办公厅印发的《
关于促进中小企业健康发展的指导意见》、国务院有关会议批示精神，工业和信息化部与财政部积极推进国家中小企业发展基金母基金公司筹备设立工作，旨在用市场化手段扩大对中小企业的股权投资规模，整合政策、技术、资金、市场等资源。对提振市场和投资者信心，助力中小企业复工复产，维护产业链稳定具有重要意义。
2019年6月，工业和信息化部副部长王江平主持召开国家中小企业发展基金母基金筹建工作座谈会，推动设立国家中小企业发展基金公司制母基金。同年11月，工信部提出要推动国家中小企业发展基金实体基金运营，做好母基金设立筹备工作。
2020年5月18日，在国家中小企业发展基金有限公司发起人大会上，基金总规模超过350亿元的消息公布。而一个月后的6月22日，国家中小企业发展基金母基金公司正式设立。
国家中小企业发展基金设有基金理事会，理事会则由国家财政部、工信部、科技部、发改委、工商总局等五部委组成。理事会办公室设在工业和信息化部中小企业局，负责理事会日常工作，并贯彻三个原则：一是基金投向要进一步体现市场化运作与政策目标的有机结合，统筹考虑行业性、区域性等政策要求；二是要实现与各地方政府部门引导基金、市场化基金的联动投资，充分体现国家财政资金的放大效应；三是要研究探索投贷联动机制，为中小企业提供更加多元化的融资服务方式。