2001年5月23日，国务院令第304号颁布实施《
农业转基因生物安全管理条例》。该条例要求农业部设立农业转基因生物安全委员会，负责农业转基因生物的安全评价工作。
《
农业转基因生物安全评价管理办法》由农业部颁布，2002年3月20日起施行。在该办法中，该委员会被称为国家农业转基因生物安全委员会，并规定，其委员每届任期三年。
在农业转基因生物中间试验结束后拟转入环境释放的，或者在环境释放结束后拟转入生产性试验的，试验单位应当向农业转基因生物安全管理办公室提出申请，经农业转基因生物安全委员会安全评价合格并由农业部批准后，方可根据农业转基因生物安全审批书的要求进行相应的试验。
在农业转基因生物生产性试验结束后拟申请安全证书的，试验单位应当向农业转基因生物安全管理办公室提出申请，经农业转基因生物安全委员会安全评价合格并由农业部批准后，方可颁发农业转基因生物安全证书。