国家地理空间信息中心是中央编办批准设立的国家发展和改革委员会
直属事业单位。
2002年，根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于〈转发国家信息化领导小组关于我国电子政务建设指导意见〉的通知》（中办发[2002]17号）要求，国家发展改革委等11个部门和单位成立项目建设领导小组，项目立项工作正式启动。
2004年11月，国家发展和改革委批复自然资源和地理空间基础信息库项目建议书（发改高技[2004]3055号）；2006年7月，批复可行性研究报告（发改高技[2006]1346号）；2007年9月，批复项目初步设计和投资概算（发改投资[2007]2409号），项目建设工作正式启动。
2012年，为了充分发挥信息库建设的综合效益，保障项目建成后能够持续稳定地提供应用服务，国家发展改革委经商各参建部门和单位，申请成立国家地理空间信息中心《关于申请成立国家地理空间信息中心的函》（发改人事[2012]2380号）。
2017年5月，国家发展改革委人事司印发《国家地理空间信息中心机构设置及领导职数方案》（发改人干字[2017]63号），同时批准了国家地理空间信息中心机构配置方案，启动中心人员机构建设。
研究提出地理空间信息整合共享的政策措施和标准规范；承担国家
自然资源和地理空间基础信息库建设与运行的具体工作；为国家及有关部门和社会提供地理空间信息产品及相关服务；指导地方开展自然资源和地理空间基础信息库建设与应用服务。