2009年11月，国家质量监督检验检疫总局批复江苏省质量技术监督局【国质检科[2009]492号】由江苏省产品质量监督检验研究院和扬州市宝应质量技术监督局所属的宝应县产品质量监督检验所共同筹建国家有机食品质量监督检验中心 (以下简称“中心”)，中心建设地点分别设在宝应和南京。

中心的南京和宝应两地实验室共有建筑面积12000 平方米，其中实验室面积9500 平方米；固定资产投入约6000万元，其中装备投入近4000万元。拥有液相色谱四级杆飞行时间串联质谱仪、同位素质谱仪、全自动微生物鉴定及药敏分析系统、致病菌筛选系统等一批具有国际先进水平的检测设备，进口设备占90%以上，并建有生物安全二级（PⅡ）、转基因食品检测实验室。现有专业技术人员近60人，形成了以研究员级高工、博士后、博士为主的食品检验、食品质量安全监控和食品检验科学研究三大团队，并设有食品检测博士后工作站。

近年来先后参与出版专著2部，制修订标准近20项，承担省部级和地市级科研项目30余项，参与“江苏省农产品清洁生产创新研究与实施”项目并获江苏省政府科技进步二等奖。全国食品工业标准化技术委员会食品通用检测技术分委会、食品生产许可的蔬菜制品和冷冻饮品专业技术委员会均设在中心。此外，中心还承担“江苏省食品安全测试服务中心”、“江苏省质量技术监督食品农产品检测中心”、“江苏省粮食产品质量监督检验站”、“江苏省商务服务平台”等检测技术服务平台工作。

2012年9月7日至8日，国家有机食品质量监督检验中心能力建设验收专家组对国家有机食品检验中心进行现场验收，专家评审组经过综合评估，对中心的筹建工作给予了充分肯定，并一致同意中心通过此次现场验收。