下设处室： 办公室 综合业务处 森林管护与公益林处 森林培育处 工程核查与资金管理处 工程技术与信息处 社会保障与就业处
主要职责：
一、负责工程建设的组织实施和管理工作。
二、参与拟定有关天然林保护工程的方针、政策、法规、规程、标准、办法，并负责监督执行。
三、参与天然林保护工程规划的编制，指导地方工程规划、实施方案的编制工作，负责项目立项的初审工作。
四、参与拟定工程年度建设计划的编制，并依据年度工程实施情况提出工程建设调控意见。
五、按照规划实施工程有关的营造林、森林防火、科技、种苗、人员安置等项目的监督检查。
六、负责工程运行监督管理，年度、阶段的检查验收，协助做好工程建设的竣工验收。协助资源司开展工程区森林资源监测以及飞播造林、封山育林、人工造林(更新)等核查工作。
七、组织开展工程报帐制管理工作。
八、组织工程建设稽查工作，协助局重点工程稽查办公室做好工程资金违规违纪问题的查处工作。
九、负责工程建设技术推广、人员培训、试点示范工作、社会宣传工作。
十、负责工程信息及资料的收集、整理、汇总和统计上报工作。
十一、组织开民有关国际交流与合作，参与天保工程外援项目的立项申报并指导导项目实施和检查验收。
十二、承办国家林业局交办的其它事项。