国家柑桔工程技术研究中心该中心2007年12月由科技部以国科发计字[2007]675号文批复立项，由中国农业科学院柑桔研究所和重庆三峡建设集团有限公司联合组建。2011年通过验收。ZA6中柑所在线新组建的国家柑桔工程技术研究中心，是我国水果行业的首个国家工程技术研究中心，是我国西南地区农业领域的首个国家级工程技术研究中心。

该中心建成后，将通过柑桔工程技术研发与产业化、中试基地与成果转化平台建设、人才培养与合作交流、开放共享服务等，联合全国行业技术力量，开展国内外合作，攻克高效安全控制等技术难题。特别是研发、集成和推广应用适合我国国情的优质橙汁加工技术和装备，为我国橙汁加工业的快速发展提供强有力的技术支撑，培育出一批具有国际影响力的橙汁加工龙头企业和品牌，全面提升我国柑桔产业的核心竞争力，推动我国柑桔产业可持续发展。

2011年，科技部对2006、2007年组建的工程中心开展验收工作，经过专家现场检查评估和国家工程技术研究中心验收委员会综合评议，国家柑桔工程技术研究中心通过验收。

该中心在组建期间，共承担省部级以上重点项目29项，横向工程化开发项目56项，到位项目经费3294万元；获得省部级以上科技奖励4项，鉴定成果3项；制订行业标准8项，申请专利18项，获得软件著作权1项，审定柑桔新品种4个；开发出柑桔病害基因芯片、柑桔非浓缩（NFC）橙汁等新产品32个；开发出基于柑桔叶片营养诊断的配方施肥专家决策系统和柑桔园旱情实时测报系统各1套；建成柑桔皮渣发酵饲料生产线和皮渣有机肥生产线各1条。在柑桔工程技术研发与产业化、中试基地与成果转化平台建设、人才培养与合作交流、开放共享服务，联合全国行业技术力量，开展国内外合作，攻克高效安全控制等技术难题，特别是研发、集成和推广应用适合我国国情的优质橙汁加工技术和装备等方面取得了长足的进展，推进了我国柑桔产业的发展，充分发挥了国家级工程中心的功能。