自然资源部重庆测绘院于2006年挂牌成立，是中华人民共和国自然资源部直属的正局级事业单位，是全国首批获得甲级测绘资格的单位。

1954年，中央军委总参第四地形测量队成立。

1956年底，迁驻重庆市。

2006年，国家测绘局重庆测绘院挂牌成立，隶属国家测绘局。

2011年，国家测绘局更名为国家测绘地理信息局，测绘院相应更名为国家测绘地理信息局重庆测绘院。并转隶国家测绘地理信息局。

2018年3月，将国家测绘地理信息局的职责整合，组建中华人民共和国自然资源部，不再保留国家测绘地理信息局，测绘院相应更名为自然资源部重庆测绘院，并转隶中华人民共和国自然资源部。

2018年9月，核定为公益二类事业单位。

截至2024年3月，自然资源部重庆测绘院拥有享受国务院特殊津贴人员1人，自然资源部青年技术人才2名，正高级工程师16名，高级工程师89名，注册测绘师41名，院级青年技术带头人11名，研究生学历（硕士）以上人员80名，专业技术人员占职工总数超过83%。拥有全国工人先锋号班组1个，重庆市工人先锋号班组1个，省部级劳模4人，重庆“五一”劳动奖章获得者2人。

全国测绘技术能手：邹富生

自然资源部青年学术和技术带头人：李兆雄、赵礼剑

正高级工程师：山川、杨洪、何忠焕、周国华、魏德照、魏太渊、王铁军、程小河、杨海明、李兆雄、熊文全、左志进、阎凤霞、赵礼剑、明飞雄

测绘院青年技术带头人：阎凤霞、杨敏、陆治兵、程瑾、危金刚、杨海明、何静、许庆领、段文华、翟彦放、赵军、王伟

截至2024年3月，自然资源部重庆测绘院内设8个处（室）和5个生产业务单位，是中国测绘地理信息学会、中国地理信息产业协会、重庆市测绘地理信息学会、重庆市规划和自然资源学会等团体会员单位。

生产业务单位：

截至2024年3月，自然资源部重庆测绘院多项成果获得国家和省市级科技进步奖和优秀测绘工程奖。

截至2024年3月，自然资源部重庆测绘院曾获全国测绘系统先进集体、全国测绘质量优秀单位以及重庆市市级文明单位等多项荣誉称号，连续多年获评重庆市“守合同重信用”单位和“纳税信用A级纳税人”荣誉称号，是重庆市“五一”劳动奖状获得单位。

截至2024年1月，自然资源部重庆测绘院获得ISO9001质量管理体系认证证书、OHSAS18001职业健康安全管理体系认证证书和ISO14001环境管理体系认证证书，拥有测绘资质甲级证书、测绘航空摄影及无人飞行器航摄乙级证书农田工程建设勘测设计单位甲级证书土地规划乙级重庆市土地勘测许可甲级证书。

自然资源部重庆测绘院标识为圆形，内部为CI等字母的变体图形，中心图案为飞机状，象征向前发展。

测绘工作根本定位：支撑自然资源管理，服务生态文明建设；支撑各行业需求，服务经济社会发展

宗旨：以一流的技术、一流的服务、一流的质量为国家经济社会发展和人民对美好生活的向往提供更多、更好、更快的测绘地理信息产品和服务。