国家海洋局南海分局成立于1965年3月18日，是
国家海洋局派驻南海区的海洋行政管理机构，并对
中国海监南海总队实施管理。分局拥有海洋水文、化学、地质、气象、生物、遥测浮标、海洋计量检定、海洋环境质量评价、海洋信息服务等专业队伍及先进的仪器设备，拥有遍布两广沿海的观测站网和遥测
海洋环境数据浮标网，有装备比较先进的“
中国海监”船、远洋考察船。
国家海洋局南海分局机关内设12个职能
处室，另有直辖15个
正处级单位；
中国海监南海总队内设4个职能处室，直辖中国海监第七、第八、第九、第十支队以及陆航执法监察队。
截止2012年11月，南海分局有职工1421（编制1790人）人，其中科技人员614多人，
船员365人。拥有海洋水文、化学、地质、气象、生物、遥测浮标、海洋计量检定、海洋环境质量评价、海洋信息服务等专业队伍，并有遍布在两广的沿海观测站网和遥测
海洋环境数据的浮标网，装备比较先进的
中国海监第七、第八
支队拥有11艘集海洋执法和科研调查为一体的执法和科研调查船只。
国家海洋局南海分局主要任务是按照国家有关法规、规定，代表
国家海洋局履行在
南海区的海洋行政管理职能，在
海区组织开展海洋行政管理、执法监督和公益服务等项工作，主要职责是：
1．监督国家有关法律法规、条例在本海区的实施，根据国家海洋发展战略和全国海洋功能区划，会同地方政府，制定本海区海洋发展规划、开发规划，划定
海洋功能区。负责本海区省际间海洋发展规划、功能区划和开发规划的协调工作。
3．组织拟定本海区及重点海域的
海洋环境保护规划并负责实施整治工作，管理审批本海区陆源污染物排海的总量和浓度，负责本海区防止石油勘探开发、
海洋倾废、海洋工程和其它海洋开发活动造成的污染损害的海洋环境保护工作。参与本海区重大污染事件的评估与查处，负责发布
海洋污染通报。
4．组织本海区海域使用管理工作，负责管理本海区海砂勘探和开采工作，负责地方管理海域以外、涉及港澳和跨省（区）
海底电缆与管道的铺设、海上人工构造物设置的审核与监督工作。
5．负责履行对本海区各省（区）
海洋管理部门海洋管理工作的指导、协调、监督，协调本海区省（区）间的
海洋开发活动。
6．组织实施本海区的海洋基础与综合调查，管理本海区海洋监测、观测、灾害预报警报、信息资料和标准计量工作，建设和管理海洋环境监视、监测网和
海洋灾害预报预警系统，组织灾情评估，发布海洋环境预报和海洋灾情预报警报，为发展海洋经济提供服务。
7．建设和管理本海区
中国海监队伍，组织协调本海区中国海监队伍的巡视监视和执法监察工作，查处违法活动，对本海区三省（区）的中国海监队伍履行监督、指导，领导
中国海监南海总队。