根据《国务院办公厅关于印发国家烟草专卖局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（国办发[2008]99号），国家局设立科技司。

1.承担烟草制品减害降焦工作；拟订行业科技发展政策及战略规划、年度计划；参与拟订行业技术装备政策，参与技术引进和技术改造论证工作；组织国内外科技交流与合作。

2.承担国家局、总公司科技领导小组、科学技术委员会、全国烟草标准化技术委员会的日常工作；负责行业创新体系建设及创新能力考核工作；负责行业科技成果评价、推广、奖励；负责科技信息、科技统计及有关知识产权管理工作；研究提出科技经费预算建议。

3.拟订并组织实施行业科技项目年度计划；组织管理行业重大科技项目；审核烟草新品种和烟草基因工程事项。

4.负责行业产品质量评价和监督工作；负责行业质量技术监督检验机构建设、审查和认定工作；负责烟草专卖品、烟用材料和相关产品的质量技术监督及质量市场准入工作。

5.负责行业标准化管理工作；编制并组织实施行业标准制订项目年度计划，管理行业用标准物质和标准样品的制作与发布；组织开展烟草专用仪器计量检定工作。

6.承办国家局、总公司交办的其他事项。

根据上述主要职责，科技司设4个内设机构：

1.综合处:

承担行业创新体系建设和创新能力考核工作；承担行业科技成果奖励及科技信息、科技统计和有关知识产权管理工作；研究提出科技经费预算建议；承担国家局、总公司科技领导小组、科学技术委员会的日常工作；承担公文运转、科技档案管理、综合行政事务、印章管理工作；承办领导交办的其他事项。

2.科技开发处:

承担行业科技开发、科技成果评价和推广工作；拟订并组织实施行业科技项目年度计划；组织管理行业重大科技项目；承担烟草新品种和烟草基因工程事项的审核工作；承担烟草企业科研的指导、协调工作；承办领导交办的其他事项。

3.技术监督处:

承担行业产品质量评价和监督工作；承担行业质量技术监督检验机构建设、审查和认定工作；组织实施烟草专卖品、烟用材料和相关产品的质量技术监督及质量市场准入工作；承办领导交办的其他事项。

4.标准化处:

承担行业标准化管理工作；编制并组织实施行业标准制订项目年度计划，承担行业用标准物质和标准样品制作与发布的管理工作，组织重要标准的宣传和贯标工作实效性评价；承担全国烟草标准化技术委员会的日常工作；组织开展烟草专用仪器计量检定工作；承办领导交办的其他事项。

科技司人员编制为17名。其中：司长1名、副司长2名；综合处4名、科技开发处4名、技术监督处3名、标准化处3名；正副处长职数6名。