国家疾病预防控制局是国家卫生健康委员会管理的国家局，为副部级。
历史沿革
2021年4月28日，国务院任免国家工作人员，任命
国家卫生健康委员会副主任王贺胜为国家疾病预防控制局局长，国家卫生健康委员会疾病预防控制局局长常继乐、
南京医科大学校长沈洪兵院士、国家卫生健康委员会应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）孙阳为国家疾病预防控制局副局长。
2021年5月13日10时，国家疾病预防控制局在北京市海淀区知春路14号正式挂牌。国家疾病预防控制局成立，意味着疾控机构职能从单纯预防控制疾病向全面维护和促进全人群健康转变，新机构将承担制订传染病防控政策等五大职能。
2023年10月27日，《国家疾控局关于成立第一届国家疾病预防控制标准委员会的通知》通过，决定成立第一届
国家疾病预防控制标准委员会，下设传染病标准专业委员会、寄生虫病标准专业委员会、地方病标准专业委员会、环境健康标准专业委员会、学校卫生标准专业委员会、消毒标准专业委员会、疾病预防控制信息标准专业委员会、伤害预防控制标准专业委员会等8个标准专业委员会。
主要职责
（一）组织拟订传染病预防控制及公共卫生监督的法律法规草案、政策、规划、标准，负责疾病预防控制网络和工作体系建设。
（二）领导地方各级疾病预防控制机构业务工作，制定监督检查和考核评价办法并组织实施。审核省级疾病预防控制局的监测预警等规划计划和应急预案，指导开展监测预警、免疫规划和隔离防控等相关工作，建立上下联动的分工协作机制。
（三）制定并组织落实国家免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施，负责预防接种监督管理工作，组织制定检疫、监测传染病目录，提出法定传染病病种调整建议。
（四）统筹规划并监督管理传染病医疗机构及其他医疗机构疾病预防控制工作，指导建立疾病预防控制监督员制度，制定疾病预防控制系统队伍建设的方针政策并组织实施。
（五）规划指导传染病疫情监测预警体系建设，组织开展疫情监测、风险评估工作并发布疫情信息，建立健全跨部门、跨区域的疫情信息通报和共享机制。
（六）负责传染病疫情应对相关工作，组织开展流行病学调查、检验检测、应急处置等工作，拟订应急预案并组织开展演练，指导疾病预防控制系统应急体系和能力建设，负责应急队伍、志愿者队伍建设，提出传染病疫情应对应急物资需求及分配意见。
（七）协同指导疾病预防控制科研体系建设，拟订疾病预防控制科技发展规划及相关政策并组织实施。开展疾病预防控制领域的国际交流与合作，参与制定相关国际标准、规范、指南。
（八）负责传染病防治、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督管理和职业卫生、放射卫生监督工作，依法组织查处重大违法行为，健全卫生健康综合监督体系。
（九）完成党中央、国务院交办的其他任务。
（十）职能转变。国家疾病预防控制局应当强化对各级疾病预防控制机构的业务领导和工作协同，建立健全疾病预防控制工作体系和网络，为维护人民健康提供有力保障。坚持将预防关口前移，健全多渠道监测预警机制，建立智慧化预警多点触发机制，推动公共卫生服务与医疗服务高效协同、无缝衔接，完善公共卫生重大风险评估、研判、决策机制，提高评估监测敏感性和准确性。优化资源配置，完善运行机制，坚持依法防控，落实早发现、早报告、早隔离、早治疗要求，推动构建常态化管理和应急管理动态衔接的基层治理机制，强化科研支撑体系，健全决策咨询体系，实现动态防控、科学防控、精准防控。
内设机构
（一）综合司。负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开等工作。拟订对地方疾病预防控制机构业务工作监督检查和考核评价办法并组织实施。承担传染病疫情信息发布工作，承担科学普及、新闻宣传、健康教育与健康促进等工作。
（二）规划财务与法规司。组织拟订疾病预防控制中长期规划，承担疾病预防控制体系及信息化建设工作。承担机关和直属单位预决算、财务、资产管理、内部审计工作。组织起草法律、法规、规章草案和标准，承担规范性文件的合法性审核和行政复议、行政应诉、普法等工作。
（三）监测预警司。规划指导监测预警体系建设和完善传染病疫情网络直报系统，建立疫情信息通报和共享机制，指导医疗机构等落实传染病疫情信息报告责任。组织开展传染病疫情监测、风险评估，提出预警决策和启动应急响应建议。审核省级疾病预防控制局监测预警规划计划并指导开展相关工作。
（四）应急处置司。承担传染病疫情应急相关工作，组织编制预案并开展演练，承担应急体系、能力及队伍建设工作，提出相关应急物资储备品种、数量等建议，以及应急状态下物资需求和分配意见。审核省级疾病预防控制局应急预案并指导开展相关工作。
（五）传染病防控司。拟订检疫、监测传染病目录，提出法定传染病病种调整建议。拟订传染病相关公共卫生干预措施并组织实施，组织开展传染病防控效果评估。管理传染病医疗机构，指导医疗机构开展疾病预防控制工作。
（六）卫生与免疫规划司。拟订国家免疫规划并组织实施。组织预防接种服务体系及其信息系统建设工作，组织疫苗针对传染病防控的免疫效果评估。指导开展寄生虫病与地方病防控工作。拟订环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生管理政策并指导实施。拟订意外伤害相关预防措施。
（七）综合监督一司。承担医疗机构疾病预防控制监督工作，组织对医疗机构开展疾病预防控制工作的督导、检查和考核，依法组织查处传染病防治重大违法行为,指导建立疾病预防控制监督员制度。
（八）综合监督二司。承担公共卫生监督工作，组织指导地方开展职业卫生、放射卫生、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督检查工作，依法组织查处公共卫生重大违法行为，完善卫生健康综合监督体系。
（九）科技教育与国际合作司（港澳台办公室）。承担疾病预防控制科研体系建设工作，拟订疾病预防控制科技发展规划及相关政策并组织实施。组织开展公共卫生相关专业技术人员继续教育工作，协同指导职责范围内的公共卫生教育。开展疾病预防控制领域的国际交流与合作、对外宣传、援外工作，组织传染病跨境联防联控工作，参与制定相关国际标准、规范、指南。开展与港澳台地区的交流与合作，承担机关和直属单位外事管理工作。
机关党委（人事司）。负责机关和在京直属单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织的工作,承担内部巡视工作。拟订疾病预防控制系统干部队伍、人才队伍建设的方针政策并组织实施。承担机关和直属单位的干部人事管理、机构编制、教育培训、离退休干部工作。机关党委设立机关纪委，承担机关和在京直属单位纪检、党风廉政建设有关工作。
人员编制
国家疾病预防控制局机关行政编制170名。设局长1名、副局长4名，正副司长职数32名（含机关党委专职副书记1名、机关纪委领导职数1名）。
现任领导