国家税务总局海口市税务局，是由原海口市国家税务局、海口市地方税务局合并组建的部门。

2018年7月5日，国家税务总局海口市税务局挂牌成立。

承继原海口市国家税务局、海口市地方税务局税费征管的职责和工作，启用新的行政、业务印章，以新税务机构的名称开展工作。原海口市国家税务局、海口市地方税务局的行政、业务印章停止使用。

2018年7月5日起，原海南省海口市地方税务局社保规费征管局、海南省海口市地方税务局直属分局、海南省海口市地方税务局第一税务分局、海南省海口市地方税务局第二税务分局、海南省海口市地方税务局大企业税收管理局、海南省海口市地方税务局纳税评估管理局、海南省海口市地方税务局龙泉税务分局、海南省海口市地方税务局桂林洋税务分局、海南省海口市地方税务局永兴税务分局、海南省海口市地方税务局云龙税务分局、海南省海口市地方税务局纳税服务管理局暂以国家税务总局海口市税务局名称对外开展业务工作，原有行政、业务印章停止使用。

国家税务总局海口市税务局办公地址：海口市滨海大道紫荆路9号。

国家税务总局海口市税务局另设民声东路办公区，办公地址：海口市民声东路2号。

2020年12月，入选2019-2020年节约型公共机构示范单位名单。

2021年6月15日，中共海南省委组织部公示国家税务总局海口市税务局机关党委为“海南省先进基层党组织”拟表彰对象。

2021年6月，国家税务总局海口市税务局进出口税收管理科党支部被授予“海口市先进基层党组织”称号。