2006年科学技术部、国家发展和改革委员会 、财政部等有关部门联合制定的《国家自主创新产品认定管理办法 (试行)》，2009年启动国家自主创新产品认定工作，243项产品被认定为首批国家自主创新产品。
认定流程
认定工作包括四个阶段：申报、初审与推荐、认定评审、审定与发布。
申报 各省、自治区、直辖市、新疆建设兵团科技厅（委、局）（以下简称地方科技部门）会同本级发展改革委和财政厅（局）（以下统称地方综合经济部门）组织产品申报工作。企业、事业单位提出申请，并按申报渠道和流程的具体要求（见申报说明第六条）提交申报材料。
申报
初审与推荐 地方科技部门对本地区申报的产品进行形式审查和汇总，并会同地方综合经济部门根据《2009年度国家自主创新产品评审手册》的要求，组织专家组进行初审，形成专家组初审意见。专家组要求包括省级政府采购监督管理部门的专家。
初审与推荐
地方科技部门对符合条件的产品择优排序后向科技部推荐，同时提交产品推荐意见、产品推荐名单及产品申报材料。
认定评审 国家科技评估中心汇总各地申报材料，组织专家组开展国家自主创新产品认定评审工作。产品认定评审专家组按领域设置，专家组包括研究开发、生产、知识产权、管理等方面的专家，以及来自相关行业协会或行业骨干单位的专家。
认定评审
专家组对产品进行评价，对重要信息进行复核，形成专家组认定评审意见。国家科技评估中心汇总专家组认定评审意见，综合形成国家自主创新产品认定意见。
审定与发布 科技部根据国家自主创新产品认定意见，形成《国家自主创新产品目录》（以下简称《产品目录》）初步意见，并向社会公示。公示无异议的，科技部会同国家发展改革委、财政部审定和发布《产品目录》，颁发国家自主创新产品证书，并向全社会公告。
政策支持
财政部将会同有关部门，依据政府采购政策的需求和实际情况，在《产品目录》的基础上确定《政府采购自主创新产品目录》，并实行动态管理。进入《政府采购自主创新产品目录》的产品可在政府采购活动中享受政策扶持。