国家重点科室是依托一级法人单位建设、具有相对独立的人事权和财务权的科研实体，作为国家科技创新体系的重要组成部分，是国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科学家、开展高层次学术交流的重要基地，实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。国务院部门（行业）或地方省市科技管理部门是行政主管部门，科室依托单位主要以卫生部各研究部门、部属高校、重点医院为主体。
国家重点科室应围绕国家发展战略目标，面向国际竞争，为增强科技储备和原始创新能力，开展基础研究、应用基础研究(含竞争前高技术研究)和基础性工作。或在医学前沿的探索中具有创新思想；或满足国民经济、社会发展及国家安全需求，在重大关键技术创新和系统集成方面成果突出；或积累基本科学数据、资料和信息，并提供共享服务，为国家宏观决策提供科学依据。
科室应具有一支高素质的固定人员队伍，包括若干优秀的学术带头人、高素质研究骨干、高水平技术人员及精干的管理人员，年龄和知识结构合理，团结合作，能够满足实验室参与国际竞争和承担国家重大医学科研任务的要求。鼓励科室以外具有独立科研能力的科研人员在实验室进行短期合作研究。
科室具备宽松民主、探索求真的
学术环境，注重学风建设，营造有利于原始性创新的氛围。积极开展高水平和实质性的国内外学术交流与合作，积极参与国际重大科学
研究计划。
科室应拥有较先进的仪器设备和完善的配套设施,仪器设备统一管理，共享共用，成为本
领域国家公共研究平台。鼓励实验室自行研制和开发仪器设备。