1937年9月在上海成立，抗战期间先后参加淞沪会战、南昌会战，第一次、第二次、第三次长沙会战，浙赣会战、常德会战、桂柳会战等。解放战争时期，1946年5月，整编为整编第79师，属西昌警备司令部，后改隶属于华中“剿总”。1949年2月，军部在荆门被全歼，12月21日残部在什邡起义。

1937年9月，以第98师为基础，在上海成立第79军。隶属第3战区第15集团军参加淞沪会战（1937年8月13日至11月下旬）。战后驻浙江。1938年2月，第76师、第108师归建。12月，第108师改隶第25军。1939年初，调驻江西，第118师拨入，该军政辖第76、第98、第118师，隶属第9战区第19集团军参加南昌会战（1939年3月17日至5月20日）。7月，第140师拨入。8月，第76、第118师分别拨隶第92、第99军。9月，第82师拨入，该军改辖第82、第98、第140师，隶属第9战区第15集团军参加第一次长沙会战（1939年9月1日至10月14日）。

1940年初，第140师拨隶第37军。6月，暂编第6师拨入，该军政辖第82、第98、暂编第6师。1941年9月，由第6战区遭县、常德增援第9战区，参加第二次长沙会战（1941年9月7日至10月12日）。

1941年底，第82师直隶于第20集团军，第194师拨入，该军改辖第98、第194、暂编第6师，参加第三次长沙会战（1941年12月19日至1942年1月15日）。1942年，开赴江西参加浙赣会战（1942年5月中旬至9月上旬）。6月5日，第98师在临川作战。6月12日，第194师攻克磨盘州、新江口。战后，该军返回湖南。

1943年5月，由第9战区政隶第6战区，由湖南汉寿、益阳、宁乡调驻鄂西，隶属第33集团军参加鄂西会战（1943年5月上至6月中）。6月11日暂第6师攻克洋溪。10月，驻公安藕池口松滋县。隶属6战区第10集团军参加常德会战（1943年11月2日至1944年1月5日）。1944年参加长衡会战（1944年5月下至8月上）9月7日军长王甲本在湖南东安冷水滩阵亡。9月，开赴广西桂林，隶属第27集团军副总司令（李玉堂）部第98第194师参加桂柳战役（1944年9月8日至12月4日）。11月，驻百寿。1945年1月暂编第6师改隶第87军。该军进人四川内江自流井担任警备。7月暂编第2师编入，该军改辖第98、第194、暂编第2师。

1946年5月，整编为整编第79师，属西昌警备司令部。1947年上半年暂编第2旅脱离建制改辖整编第98旅第14旅。1948年7月，移驻川北城口、万源，后调陕西安康集结待命，改隶西安绥靖公署。9月，恢复军师号。10月调湖北南漳、宜城。11月，接防沙市，改隶华中“剿总”。1949年2月4日军部、第98师一部在荆门被歼灭，军长方靖被俘。

1949年4月，增辖第199师。7月16日，由荆州沙市向川湘鄂边境山区转进。11月13日至19日，第98、第199师在宣恩以南被歼灭。12月3日残部到四川大竹经南充向三台撤退。12月21日残部在什邡起义。

1949年12月初，在人民解放军强大攻势压力下，第16兵团（时第79军隶属于16兵团）奉命仓促向川西撤退。在此期间，董宋珩、曾延元在中共川西党组织的劝导下，毅然决定重返部队，策动起义。12月14日，第16兵团部到达绵阳；17日41军由万县抵达广汉，20日开赴什邡、绵竹一带，该军122师驻绵竹，124师驻什邡北关，301师驻什邡马脚井；18日，第47军抵达广汉城郊，21日，该军率125师进驻广汉高骈铺，127师驻什邡马脚井，22日晨，董宋珩、杨叔明(中共党员)、董用威一同去彭县借用邓锡侯的电台拍发起义通电。电文称： “脱离国民党反动集团，停止反革命战争，参加人民解放事业，宣布起义。”新归建的第79军，于12月17日到达广汉，22日该军2个师5个团，移驻高骈铺，军长龚传文要求参加16兵团起义，丁是又增补79军所部官佐签名，送彭县拍发。至此，参加16兵团起义的官兵共4万余人，史称“什邡起义”。参加第十六兵团“什邡起义”签名的部队有川鄂绥靖公署副主任董宋珩；第16兵团副司令曾匙元；第41军军长张宣武，第122师师长熊顺义，第104师师长蔡钲，第301师师长张则荪；第47军军长严翊，第125师师长裴元俊，第127师师长袁国训，第302师师长张子完；独立纵队司令刘景素；第79军军长龚传文，第140师师长朱济猛，第194师师长赵鹤庭。起义10天后，79军移驻绵竹遵道场，听候整编。1950年4月22日，遵照军委命令，第16兵团开赴华东整训。

夏楚中（1937.9—1942.10兼任—1943.3免兼）

王甲本（1943.3.17代理—1944.6实任—1944.9.7阵亡）

方靖（1944.8.29—1949.2.1兼任—1949.2.4被俘）

龚传文（1949.2.16代理，不久实任—1949.12.21起义）