在国民革命军的编制序列中，历史上曾先后出现过3个第44军。分别为湘军叶开鑫部，1927年4月由新编第5军改称，1928年7月撤销番号；一为直鲁联军旧部改编而来，1928年6月改编，当年9月撤销番号；一为川军刘湘部，1935年10月成立，抗战期间先后参加武汉会战、随枣会战、枣宜会战、长衡会战等，解放战争期间长期隶属徐州绥靖公署，守备海州地区，后在淮海战役中被歼灭。两度重建，最终各部在西南战役中被歼灭或起义。

1927年4月，新编第5军改称第44军，下辖两个师，师长邹鹏振、蒋锄欧。5月22日至6月12日，由江苏仪征到海州。7月，驻山东郯城、临沂，旋南返。10月，在安徽合肥隶属第4路军西征讨伐唐生智。11月14日，进湖北武昌，沿长岳铁路进攻湖南岳阳。1928年1月，与第6军发生冲突，一部在岳阳被包围缴械，军长叶开鑫被免职。主力由湘阴、靖港长沙等地经宁乡向湘西退却。4月，该军在安徽安庆整补，邹鹏振代理军长，下辖第1、第2、第3师和教导师，师长王堉、龚仁杰、林拔萃、李亚平。7月18日，该军在湖北武汉被第7、第19军缴械遣散。

历任军长：

叶开鑫

邹鹏振

1928年6月，直鲁联军第12军在河北改编为第44军。9月奉命由马厂南下皖北。25日，在津浦路泰安、徐州、蚌埠等地被中央军第1师刘峙、第2师顾祝同等部缴械。

历任军长：

寇英杰

1935年10月四川“剿匪”军第6路军总指挥王缵绪所属部13个旅改编为第44军，下辖第1师、第2师、暂编第1师。11月，进出名山、雅安。1937年1月，各师分别改称第150、第149、第163师。1938年1月，属第29集团军。3月，第163师拨第56军，该军改辖第149、第150师。5月由四川万县开赴安徽太湖、宿松，在大别山南麓属第5战区第4兵团参加武汉会战（1938年6月中旬至11月中）。10月守湖北当阳。1939年参加随枣会战（1939年5月1日至6月1日）。1940年参加枣宜会战（1940年5月1日至7月4日）。1940年9月至1941年底，守备大洪山。

1940年12月，第149师改称第162师，拨第67军。第162师改称第149师，属该军。参加豫南会战（1941年1月22日至2月11日），策应第二次长沙会战（1941年9月7日至10月12日）。1941年12月，开赴河南内乡。1942年4月，随第29集团军由内乡经老河口、兴山、长阳转赴湖南桃源、常德，改隶第6战区，担任洞庭湖西岸和长江南岸守备。

1943年4月，第67军番号撤销，所辖第161、第162师转该军。该军改辖第149、第150第161、第162师。参加鄂西会战（1943年5月上旬至6月中旬）。8月，第162师调湖北松滋、枝江担任长江南岸防守。11月15日，该军转湖南慈利以北参加常德会战（1943年11月2日至1944年1月5日），11月21日，第150师师长许国璋在桃源的受伤自戕。1944年1月，开宁乡，改隶第9战区。3月，驻扎浏阳。在通城、平江、浏阳参加长衡会战（1944年5月下旬至8月上），战后在茶陵安仁地区担任守备任务直至抗战结束

1945年初，第149师拨隶第26军。8月21日该军克湘南东安。9月，第161师在醴陵被撤销番号，官兵分别补入第150、第162师。1946年初，该军在安徽贵池，属衢州绥靖公署。5月，整编为整编第44师。下半年调到苏中，改隶徐州绥靖公署。12月，由东台进攻盐城。1947年2月，“清剿”苏北准海地区。自此，该整编师长期驻守苏北海州、阜宁等地，隶属第9绥靖区。

1948年9月，恢复军、师番号。11月6日，由东海西撤，属徐州“剿总”第7兵团参加淮海战役（1948年11月6日至1949年1月10日），11月10日在邳县碾庄被包围，18日被歼灭，军长王泽浚、第162师师长杨自立被俘，第150师师长赵光投诚。残兵撤退徐州，第72军军长余锦源收揽若于山东保安团及徐州“剿总”警卫团重建第44军，下辖第150师、第162师，旋改称第116军

1949年1月，在川南重建第44军，属第7编练司令部，下辖第150、第162、第349师，驻防宜宾、泸州、綦江、南川。10月，改隶第22兵团。11月中旬，由泸州南下，在贵州省遵义娄山关被歼灭。12月初，残部向成都进军。12月6日第150师师长周子冉率师直属队和第449团、第450团共1000人在隆昌投诚，第448团宣布起义。12月22日，代理军长周青廷率第150、第162师残部在成都起义。12月26日第349师残部在金堂随第20军起义。

历任军长（整编师师长）:

王缵绪（1935.10.3-）

廖震（1938.10.8-1940.11）

王泽浚（1940.11.29代理-1941.5.26实任-1947.7兼任1948.11.18被俘）

谭心

陈春霖

周青廷（代理-1949.12.22起义）