1944年,为做好战后光复
台湾所需人才的储备工作,国民政府教育部在
福建仙游创办了国立海疆学校。在该校开办的五年时间内,不仅校址三度变更,而且办学宗旨也曾两度更易。尽管办学时间不长,但国立海疆学校为战后初期台湾行政与文教事业的发展提供了一定数量的人才,同时也为战后东南亚一带侨务事业的恢复与发展作出了一定的贡献。
抗战胜利前夕，国民政府决定在与台湾岛一水之隔的福建省创办一所
高等院校，为即将回到祖国怀抱的台湾培养教师和行政人员。
1944年5月，国民政府开始在福建筹建大专学制的国立海疆学校，先设
师范和
行政两科。8月，选择仙游县私立金石中学旧址作为临时校舍。1945年1月，开始招生。生源主要来自福建
仙游、永春、
晋江、
漳州及
广东揭阳等地。2月，海疆学校正式开学。
1945年7月，学校奉准迁址南安县九都镇。南安九都时期的海疆学校，师资阵容较大，聘任了有许多知名教授。教师中有不少来自浙江大学、中山大学、
北京师范大学的研究生院，如聘请严永晃、宋晞、文焕然、黄寿祺、黄玉树、李硕卿、陈祥耀、张捷春等教授来校任教。海疆学校前后创办6年，培养的学生800多人，校友遍布全球各地，有的已经成为知名学者，有重大发明创造，有的是各级领导干部，都在自己的岗位上作出贡献，如原
国立华侨大学校长陈觉万老师、原台湾省议会秘书长林遒穆先生等。
海疆学校自创办之初，就以“造就专门人才、辅助海疆建设、发展海外事业”为立校之宗旨。前后实际办学仅仅6年，在全体教职工、校友及海内外各界人士和的共同努力下，取得了一定的成绩，载入了福建
高等教育的史册。
1949年10月福建省先后接管了国立厦门大学、国立海疆学校、
国立音乐专科学校、福建省立农学院、福建省立医学院、
福建省立师范专科学校等6所高等院校。1950年，停办海疆学校和国立音专学校，将福建省师范专科学校改为福建省立师范学院。海疆学校部分教师和学生并入厦门大学、福建省立师范学院（
福建师范大学）、
福建农学院（
福建农林大学）等高等院校。