西南联大博物馆位于昆明市五华区一二一大街298号云南师范大学一二一西南联大校区校园内（原国立西南联合大学校本部旧址所在地），为纪念国立西南联合大学抗战期间在滇八年的办学历史而建，隶属于云南师范大学，属国家行业性博物馆。

西南联大，全称国立西南联合大学，是中国抗日战争期间由北京大学、清华大学、南开大学在云南合组而成的一所与抗日战争相始终的综合性大学。八年间，在战时艰苦的环境中西南联大高举“爱国、民主、科学”的伟大旗帜，“内树学术自由之规模、外来民主堡垒之称号”，为中国乃至世界培养了大批杰出的人才，铸就了中国乃至世界教育史上的不朽丰碑，在世界反法西斯战争及中国抗日战争史上均写下了光辉的一页，被誉为中国教育史上的一颗璀璨的明珠。西南联大大师云集，名家荟萃，为当时国内教授阵容最强、学术水平最高的高等学府。陈省身、吴大猷、吴有训、华罗庚、叶企孙、陈寅恪、闻一多、朱自清、冯友兰等一大批名师巨匠，鼎立治学研究，坚持为国育才。无数从这里走出的学生，成为中国乃至世界的栋梁之才。至今，中国“两院”院士中有西南联大师生173位；国家“两弹一星”功勋奖章的23名获得者中，西南联大师生有8 位（赵九章、郭永怀、陈芳允、屠守锷、杨嘉墀、王希季、朱光亚、邓稼先）；杨振宁、李政道获诺贝尔物理学奖，黄昆，刘东生、叶笃正、吴征镒、郑哲敏先后获得国家最高科学技术奖。此外，还有大批人文社会科学的杰出人才及宋平、王汉斌、费孝通、彭佩云、周培源、朱光亚、钱伟长、孙孚凌等党和国家各级领导。

1937年7月，卢沟桥事变爆发后，南京国民政府组织东部高校仓促内迁。北京大学、清华大学、南开大学乃迁至湖南长沙，组成长沙临时大学，同年10月开学。因日军沿长江一线步步紧逼，师生们于1938年2月搬迁入滇。其中有200余位师生从湖南步行至昆明，行程数千里，被誉为“文军长征”。1938年4月，学校定名国立西南联合大学，设文、理、法商、工、师范5个院26个系，两个专修科一个选修班。抗战胜利后，1946年西南联大解散，三校分别复校北上；师范学院留在昆明独立设院，改称昆明师范学院。在滇期间，西南联大还曾先后设蒙自分校和叙永分校。

西南联大设有校务委员会，由3位校长任主席：张伯苓、蒋梦麟、梅贻琦；实则始终由最年轻的梅贻琦主政。西南联大内部俊彦云集，巨擘济济。其中校内各院系和重要部门的负责人，亦均为一线名流，如文学院院长冯友兰、理学院院长叶企孙、法商学院院长周炳琳、工学院院长施嘉炀、师范学院院长黄钰生等，皆一时之选。此外，校中的陈寅恪、刘文典、朱自清、沈从文、钱穆、金岳霖、吴有训、周培源、吴大猷、华罗庚、陈省身、陈岱孙、张奚若、潘光旦等也久负盛名。

博物馆于1985年建馆，占地面积13320平方米，建筑面积2332平方米，展厅面积1422平方米，馆藏文物1218件（套）。博物馆内设2个展馆（国立西南联合大学纪念馆、“一二·一”运动纪念馆）及1个活动展厅，常设3个基本展览（西南联大历史展、“一二·一”运动历史展、李公朴和闻一多先生生平事迹展），采用现代化声、光、电陈列布展方式布展，是目前全国有关西南联大及“一二·一”运动历史资料最多、最集中的展馆，年参观量约15万人次。其中所提供的资料达10万字、图片1000余张，分别比原展览增加了70%和55．8%，其中，50%的图片是首次展出。选用的展柜实物和复制品76件，较原展览增加55%。馆区内现存西南联大时期的遗存有：国立西南联合大学纪念碑、国立西南联合大学原教室、国立昆明师范学院纪念标柱、“一二·一”运动四烈士墓、“梅园”、“民主草坪”、李公朴先生衣冠冢、闻一多先生衣冠冢以及镌刻有闻一多撰写的《一二·一运动始末记》的石雕火炬纪念柱等。

博物馆所辖景区现为全国重点文物保护单位，全国首批百个爱国主义教育示范基地之一，全国红色旅游经典景区，全国红色旅游精品线景点，国家级海峡两岸交流基地，国家级抗战纪念设施、遗址，全国免费开放博物馆，民盟中央传统教育基地，云南省社会科学普及示范基地，云南省国防教育示范基地等。西南联大历史是中国近代高等教育史的重要组成部分。作为我国近代经典的历史文化遗产，西南联大所蕴含的历史文化、爱国精神、民主精神、科学精神、人文精神具有独特的地位和重要的价值，必将得到不断的传承和弘扬！

1939年10月4日，西南联大新校舍建成并正式投入使用。西南联大博物馆馆区内至今仍保留着西南联大新校舍北区第19号教室。

1946年3月17日，“一二·一”运动四烈士遗体被安葬在西南联大校园东北角，即“一二·一”运动纪念馆所在地。

1946年5月国立西南联合大学完成其战时历史使命。5月4日，国立西南联合大学纪念碑举行揭幕仪式。

1946年7月15日，西南联大教授闻一多先生遇害，其衣冠冢葬于“一二·一”运动四烈士墓前。

1946年8月，国立昆明师范学院纪念标柱建成，西南联大三常委之一、清华大学校长梅贻琦亲自为纪念柱题名。

1965年，“一二·一”运动四烈士墓（含闻一多先生衣冠冢）被列为云南省重点文物保护单位。

“文革”期间，“一二·一”运动四烈士墓前的石雕火炬柱被折断；烈士墓后的自由女神像浮雕石屏被损坏。烈士墓背后修了马厩、豆腐房、厕所等。国立西南联合大学纪念碑周围成了垃圾堆。

1979年，昆明师范学院以烈士墓为中心，修葺了围墙及大门，建成烈士陵园，将西南联大纪念碑，一二·一”运动四烈士墓、闻一多衣冠冢保护起来，并派专人进行管理。

1980年，因“李闻事件”的特殊历史关系，经云南民盟省委提议和云南省文物部门同意，于3月26日将著名爱国民主人士李公朴先生衣冠冢从昆明西山迁至“一二·一”运动烈士陵园所在地。李公朴先生于1946年7月11日，在昆明大兴坡遇害。

1982年11月27日，经云南省委批准，在云南省文化、教育、旅游、财政、等相关部门支持下，昆明师范学院筹集资金10万元，正式建成“一二·一”运动陈列室。陈列室占地275㎡，陈列展出大量西南联大及“一二·一”运动的史料。

1983年，国立西南联合大学纪念碑被列为市级重点文物保护单位。同年，国立西南联合大学原教室被列为国立西南联合大学纪念碑市级重点文物保护单位附属文物。国立西南联合大学原教室为土坯墙，铁皮顶，东西向，长条形，长16米，宽5.8米，是国立西南联合大学艰苦办学的历史见证。

1985年，经云南省委省政府批准，云南师范大学投资13万元扩建“一二·一”运动陈列室，占地324㎡。同年9月经中共云南省委宣传部批准，“一二·一”运动陈列室更名为“一二·一”运动纪念馆，邓颖超同志亲自题写了馆名。“一二·一”运动纪念馆正式作为西南联大旧址的文物保护管理机构。扩建后的纪念馆分两个展室展出国立西南联合大学校史及“一二·一”运动历史全貌。

1984年至1985年间，云南省、市文管部门先后拨款1.7万元维修了西南联大纪念碑、“一二·一”运动四烈士墓，并对周围的环境进行了部分整治。

1985年，云南师范大学找到文革期间被破坏的国立昆明师范学院纪念标柱，修复后立于西南联大纪念碑东则。

1985年，西南联大旧址“民主草坪”内立闻一多“拍案而起”石雕塑像。

1988年，整修烈士陵园，并对西南联大旧址进行绿化整治。

1988年10月31日，国立西南联合大学三校纪念亭在西南联大旧址内落成。

1989年，整治西南联大纪念碑周围环境。

1990年，云南省文化厅拨专款1.5万维修西南联大原教室，并制作西南联大旧址文物保护说明碑及扩充部分展览。

1992年，“一二·一”运动纪念馆被列为昆明市爱国主义教育基地。

1994年，“一二·一”运动纪念馆被列为云南省爱国主义教育基地。

1995年，云南省委省政府拨专款16万元，用于文物的维修、保护。同年，云南师范大学重新绿化整治陵园环境。

1995年12月1日，国立西南联合大学暨国立昆明师范学院革命烈士纪念碑于“一二·一”运动四烈士墓左侧落成。

1997年6月，“一二·一”运动纪念馆被中宣部列为全国首批百个爱国主义教育示范基地，成为全国高校中唯一一个被命名的全国爱国主义教育示范基地。

1998年11月13日，国立西南联合大学纪念碑被云南省人民政府公布为云南省重点文物保护单位。

2000年，云南省文化厅拨5万元专款，对西南联大纪念碑及烈士墓进行维修。

2001年，云南师范大学成立西南联大研究所，加强对西南联大及“一二·一”运动的历史研究工作。

2003年6月2日，国立西南联合大学纪念亭被列为昆明市五华区重点文物保护单位。

2004年4月，云南师范大学启动“西南联大旧址保护及‘一二·一’纪念馆改扩建工程”，全面整治联大旧址环境，新建国立西南联合大学纪念馆，同时，全面改版西南联大及“一二·一”运动的陈列布展，采用现代化的声、光、电展览手段进行布展施工。

2005年2月，“一二·一”运动纪念馆被国家发改委、中宣部、财政部、国家旅游局、教育部、国家文物局等中央部委、局选定为首批全国红色旅游经典景区，并被纳入全国红色旅游精品线“昆明-会理-攀枝花-冕宁-西昌”，成为当时昆明市唯一一家入选的单位。

2006年5月，国立西南联合大学旧址被国务院核定并公布为第六批全国重点文物保护单位。

2008年10月，中宣部划拨专款资助建设的“一二·一”运动纪念标志广场落成。

2009年，“一二·一”运动纪念馆（含“一二·一”运动纪念馆及国立西南联合大学纪念馆）被列为国家免费开放单位。

2011年4月，西南联合大学旧址被纳入全国红色旅游经典景区第一批名录。

2011年9月，云南师范大学为弘扬西南联大精神，加强西南联大旧址的保护，调整机构成立西南联大博物馆（正处级单位），下设办公室、西南联大研究所、社会教育部等职能科室，并与“一二·一”运动纪念馆合并办公。

2013年1月，《西南联合大学旧址保护规划》由云南省人民政府正式公布实施。

2022年5月，西南联大旧址及西南联大博物馆被评选为2022年科学家精神教育基地，序号第123。