土壤微形态学是指显微镜鉴定和研究肉眼不能分辨的土壤微形态特征的学科。以未经搅动的原状土作为对象，制备成厚约30pm的土壤薄片，在偏光显微镜下进行土壤结构、组成等方面的观察和鉴定，如土壤颗粒的大小、形状、成分和排列，土壤基质的类型和特征，土壤矿物的成分、数量及其风化状况，土壤孔隙的形状、大小和数量。

土壤中植物残体的分解和腐殖化程度，腐殖质的存在形态和数量，土壤中生物活动的踪迹及其对土壤的影响，土壤中硅的生物学积累作用——植物蛋白质、硅藻骨骼、海绵骨针的种类和数量，土壤中黏粒和其他物质的移动和淀积特征，土壤中各种新生体的成分、形态、数量和分布等。土壤微形态学的研究可为土壤发生、土壤肥力、土壤生物学等研究提供重要的基础资料。