南京圣保罗教堂位于南京市秦淮区太平南路396号，占地面积485.6平方米，教堂于民国十一年（1923年）建成。

圣保罗堂的建造，从选址到建造经历了好几年。

清宣统二年（1910年），圣公会曾由季盟济会长在南京马府街赁屋开始传道。

民国元年（1912年）购置门帘桥即今太平南路一座旧屋。

民国二年（1913年）拆除旧房，准备重建教堂。负责建造该堂的是该堂会长季盟济，他从美国一位圣公信徒那里征募到一笔捐款，这位信徒的儿子在第一次世界大战中牺牲，他为了纪念他的儿子而捐了这笔款子。圣保罗教堂按教堂形式设计，由金陵大学建筑工程师齐兆昌监造。由陈明记营造厂承建。全部建筑费用包括设备为一万二千美元，折当时币四万八千银元。

民国十年（1922年），中华圣公会江苏教区出资拆去旧堂，新盖大小教堂各1座（今仍使用）。大堂为哥特式建筑，高11米，长34米，宽12.6米，钟楼四层高18米，建筑面积为485.6平方米。小堂建筑面积288.8平方米，供小型宗教活动使用。

民国十一年（1923年）落成，并正式命名圣保罗堂，举行了隆重的祝圣典礼。

民国十五年（1927年），圣保罗堂一度被北伐军征用，停止了宗教活动。后经当时的外交部长王正庭交涉，圣保罗堂恢复正常开放。

1949年后，圣保罗堂和南京基督教堂一道，参加了反帝爱国三自革新运动，在1950年12月正式与美国差会割断关系。

1952年成立了三自革新促进会支会，由陈泽民牧师任主席。从此圣保罗堂走上了独立自主，自办教会的道路。

1985年7月28日举行复堂感恩礼拜，圣保罗堂重新对外开放。现有信徒5000多人，每周有3000多人参加礼拜，共举行8场聚会。

2003年教堂完成了副堂的翻建和环境美化工作，硬件设施大大改善。

圣保罗堂按照当时西方流行的复古主义形式设计，规模不大，是典型西欧乡村式小教堂。

保罗堂典雅精细，外观属于较为地道的哥特式建筑，内在结构用中国传统的构架取代了哥特式的尖券交叉拱。建造该堂的建筑材料很讲究，墙体用南京旧城墙砖磨光砌筑，并经过加工磨光。所有的窗座、门扇、墙中部环箍、钟楼顶屋、城堡式的垛堞和封盖以及内柱脚、拱座全是采自高资山的白石。堂内的读经台、讲座台、洗礼池、圣坛和栏杆柱等也是用白石磨光精制而成。砌在墙上的环箍、拱座内侧石面上，精刻了程通甫先生缮写的经文，由江鉴祖会长贴上金箔。