圣恩禅寺始建于明朝正统三年，即公元1438年。在约600年的沧桑岁月中，寺院几经兴废。崔村香堂七、八十岁的老人都见过的“圣恩禅寺”，即是清朝时重新恢复的。可惜它被一把大火毁弃。让人无法再感受晨钟暮鼓带给我们的清净。
据《钦定日下旧闻》及《
光绪顺天府志》等史书记载:“圣恩禅寺始建于正统三年十月，四年十一落成。赐额圣恩禅寺，翰林院编修刘升撰碑记。中书舍人赵昂书。其地在昌平
崔村北宝峰下，四山环寺，东至大独山，南至南阿坡，西至钓鱼坡,北至将军陀。龙象庄严,钟呗清朗,一邑中胜概也
复建的“圣恩禅寺”，由
中国佛教协会副会长，
中国书法家协会副主席刘炳森先生题写寺名。其建筑风格以明代、清代的建筑形式为基础；按《清工做法》的规则精心设计施工而成。建筑物的做法结合南方派的精巧建筑加之北方的雄浑而建成的。主殿基本是北方风格，艺术长廊选择南方的小巧别致。170余米的艺术长廊内把我国一些书法大师、大家的为寺题写的作品用石刻方式刻出，镶嵌于长廊内侧的墙上。其中包括我国著名书法家启功先生、沈鹏先生、欧阳中石先生、刘炳森先生、李铎先生等名家的作品，约计三十余块。为还原皇家寺庙金碧辉煌的气势，一些金光闪闪的地方，完全用纯金和纯铜贴饰，用金铂2000000张，铜铂1000000张。大雄宝殿中的三世佛像，用黄铜铸造而成，每尊高达4.5米,重达5吨,每尊佛外贴库金6000张;天王殿中的弥勒佛,用红铜锻造而成,高3.3米,外用7000张库金贴饰。整座寺院气势磅礴。如法庄严。
圣恩禅寺三宝具足，法旗高升。由毕业于中国佛学院的明者法师担任住持。毕业于全国各地佛学院的10余位法师常住。在明者法师的带领下，寺院的修学、法务等活动得以重新恢复。