清入关后，依照入关前沈阳清宁宫的格局对坤宁宫进行改建，使之成为宫内祀神之所。宫宽九楹，中间四间为祭神场所。东北角小间设煮猪肉的大锅两口，外面放有做打糕的用具。北、南、西三面有环行大炕， 西面供朝祭佛、菩萨及关圣帝的神位；北面供夕祭穆哩罕神（马神），庭院竖杆祭天。坤宁宫祀神制，为清王朝宫廷独有。渊于北方祭祀萨满神，循入关前盛京清宁宫祀神旧制，与堂子祭神同为清室祖先相传下来的祭神的一种祭祀活动。祝词中所称“纳丹岱珲”为
北斗七星、“喀屯诺颜” 为蒙古神。其余所称“年锡”、“安春阿雅喇”、“穆哩穆哩哈”等神名及“纳尔珲轩初”、安哲、鄂啰罗等字，于乾隆朝时已不解其意，皆为递相传诵。坤宁宫祀神之仪，除每年十二月二十六日将神位移往堂子，至次年正月初二日送回；四月初八日浴佛，春秋立杆大祭移往堂子及斋戒日、忌日等停祀外，其余每天朝夕祭祀。参见各专条。