基因内含子是阻断基因线性表达的序列。DNA上的内含子会被转录到前体RNA中，但RNA上的基因内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除。在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子。基因内含子有时也叫内显子，与外显子相对。真核生物的基因含有外显子和基因内含子，是前者区别原核生物的特征之一。

大多数真核结构基因中的间插序列（interveningsequence）或不编码序列。它们可以转录，但在基因转录后，由这些间插序列转录的部分（也可用基因内含子这个术语表示）经加工被从初级转录本中准确除去，才产生有功能的RNA。若基因内含子位于一密码子的第三位核苷酸和另一密码子的第一位核苷酸(即两密码子之间)，则被称为0位内含子。