基因内重排是错位链最末端的碱基率先复性，然后局部合成空缺的碱基，经过修复形成一个或几个插入重复单位。因为是发生在同- DNA分子内的单链插入，故这种基因的转移是一种基因内转换形式。基因内转换重排可以反复出现，每出现一次就增加一段插入序列，所以这种错位复性及修复方式在小卫星座位一般都是增加了重复单位数。

基因结构重排的机制是一种DNA双链断裂的修复过程，在等位基因内或等位基因之间，出现了重复单位复杂的转换式移动。DNA双链断裂常发生在靠近串联重复序列的5'端的重复单位内，形成DNA分子的两个游离的、突出的单链末端。但是在修复的过程中，两末端因摆动或错位，没有按照原配对碱基的位置复性，出现了两种后果: