基因工程微生物，利用基因工程的方法把外源基因(或同源基因)引入微生物宿主细胞内，得到稳定的遗传，并表达其新特性的微生物。简称工程微生物。基因工程研究史上的第一次重大突破，是把人工合成的生长激素释放抑制素(SMT)基因在乳糖操纵子控制下转入大肠杆菌细胞中表达。这也是第一个在原核细胞中表达的真核基因。在体外用溴化氢处理重组大肠杆菌所产生的嵌合型SMT多肽，便可产生活性SMT蛋白质。

解释

之后，胰岛素、生长激素、α–干扰素、促红细胞生长素、乙型肝炎疫苗、β–干扰素、γ–干扰素和白细胞介素等多种基因工程药物陆续被开发生产。

此外，基因工程微生物还用于生产疫苗、传染病和遗传疾病诊断，用探针进行基因治疗等。随着许多基因表达系统和蛋白质纯化方案的发展与不断完善，对异源蛋白质的生产和纯化不再是主要难题。异源蛋白的活性、特异性、正确折叠和蛋白的完整性等方面问题的解决，很可能导致对重组蛋白更加理性和成熟的应用。

此外，基因工程微生物除以上应用领域外，还被广泛应用于遗传和基因表达调控等基础理论研究，对阐明各种遗传现象和代谢途径、了解其遗传本质起到重要作用。