标记基因是生物学中，基因工程运用方面的专用词汇。

当人们想利用某些细菌产生某些物质时,会先提取目的基因,然后让目的基因与运载体结合,再将目的基因导入受体细胞,最后培养细胞进行表达.

标记基因就是在导入受体细胞

例如:大肠杆菌的某种质粒具有青霉素抗性基因,当这种质粒与外源DNA组合在一起形成重组质粒,并被转入受体细胞后,就可以根据受体细胞是否具有青霉素抗性来判断受体细胞是否获得了目的基因.当人们用选择培养基(比如含有青霉素的培养基),来培养受体细胞时,能够在培养基中存活下来的受体细胞就可以认为是成功的导入了外源DNA,标记基因就起作用了。