基因突变率通常用每一个
配子发生突变的概率，即用一定数目配子中的突变配子数表示。在
无性繁殖的
细菌中，基因突变率是用每一个
细胞世代中每个细菌发生突变的概率，即用一定数目的细菌在一次分裂过程中发生突变的次数表示。不同生物和同一生物个体的不同
基因的自发突变率是不相同的。
据估计，在高等生物中，大约十万个到一亿个生殖细胞中，才会有一个
生殖细胞发生基因突变，突变率是10^-5～10^-8。不同生物的基因突变率是不同的。例如，
细菌和
噬菌体等微生物的突变率比高等动植物的要低。同一种生物的不同基因，突变率也不相同。例如，玉米的抑制色素形成的基因的突变率为1.06×10^-4，而黄色
胚乳基因的突变率为2.2×10^-6.
基因突变率的估算方法因生物生殖方式的不同而不同。在有性生殖的生物中，突变率通常用每一个配子发生突变的概率，即用一定数目配子中的突变
配子数表示。在
无性繁殖的
细菌中，突变率是用每一个细胞世代中每个细菌发生突变的概率，即用一定数目的细菌在一次分裂过程中发生突变的次数表示。不同生物和同一生物个体的不同基因的自发突变率是不相同的。