基因间重排是指DNA断端的游离单链末端侵入(strand invasion)到对应的染色单体上的等位基因，与另一条染色单体的DNA发生复性，结果形成了两同源染色单体的基因之间转换式移动。这类单链侵入形式导致异源链合成、延伸，会出现三种不同的后果。

从重复序列开始的错配新合成链，多数在达到重复序列的侧翼序列之前就被DNA错配修复系统终止，只能形成基因插入转换。侵入链被错配修复体系终止，又回到原单链继续复制过程。此时，该单链上已经插入了来自对应的另一姐妹染色单体的3个重复单位，由原来7个重复单位突变为10个重复单位。