墨水瓶事件，是中国近代发生的一次学运。1902年11月5日，南洋公学中院五班上课，文科教习郭镇瀛见师座上有一支空墨水瓶，以为有人故意捉弄嘲讽他，大怒，严辞追查，全班无人回应。郭氏威吓离己最近的学生伍正钧，限以三日告发，迟则加罪。后伍以不知实情回告，被记大过一次。11日，在郭威逼恫吓下，年纪较小的杨之福诬称“屡与其为难”的伍正钧所为。13日，公学应郭要求，公开开除伍及其邻座“知情不报”的贝蝇伯、陈承修，招致五班学生激烈反对。虽与校方几经申辩、力争，仍无济于事，全班学生遂决意集体退学以示抗议。临行前与其他各班一一道别，并陈以事情原委，公开申明反对学校专制行为。校长汪凤藻获悉，不问情由，宣布开除五班全体学生。闻此，公学学生群情激愤，公推学生代表，请汪氏收回成命。汪氏大怒，不允，决定以此示儆。全校学生讨论决定集体退学，以抗议学校专制武断行为。出于爱护学生，特班主任蔡元培曾试图从中斡旋，但了无成效。公学200余名学生遂整体列队，三呼“祖国万岁”后，依低到高秩序井然走出校门，区区大厦仅剩八九个老师范生依窗长叹。蔡元培亦愤然辞职。后汪、郭二人也不辞而别，盛宣怀虽竭力挽回仍无可避免，全校有145人退学。事后盛氏苦心积虑，多举并措，逐渐恢复公学旧貌。然“自由、民主”之观念开始在公学不断滋长。

1902年11月5日，南洋公学国文教习郭镇瀛到五班上课，发现师座上有一只洗净的墨水瓶，以为是班上学生嘲讽他“胸中无墨”，便严辞追查。威逼之下，五班一学生诬告是学生伍正钧所放。13日，校方应郭教习要求，公告开除无辜学生伍正钧，从而引起五班同学的质疑和反对。五班学生经过与校长申辩未有结果，随即决定集体退学以示抗议。临行前，他们分头去各班告别，表示反对这种专制压迫，这一行动得到了全体特班同学的同情。校长汪凤藻获悉后，不问情由，宣布开除五班全体学生。全校学生闻讯大哗，纷纷表示强烈不满。学生当即自行推出代表与校方交涉，请求校方收回成命。校长“以此示做”坚决不允。这个决定如火上浇油，更加引发学生的激愤，特班学生经议论，决定全体退学以示抗议。

至此，校方骑虎难下，只得请广受学生尊敬的特班总教习蔡元培先生出面调解。经蔡先生耐心说服，学生方同意暂缓行动。蔡元培当晚前去拜见公学督办盛宣怀

学生在离校声明中宣示：“今日为学校之奴隶，他日为政府或外人之奴隶而已，于我国何裨焉？”“我国政界顽野已极，非有改革思想者殆不得为国民”。这是经过法学教育后民权思想的觉醒，也是对封建专制的反叛。

这次学潮，南洋公学两百余名学生退学，尽室皆空。经校长请人多方劝说、又去动员了家长，才有少数人返回学校，但退学者仍达一百四十五人。蔡元培和学生在“中国教育会”章炳麟等人支持下，随后成立“爱国学社”，使退学学生得以继续学习深造，并坚持在理工科课程外开设法律课程。

“墨水瓶事件”事发并非偶然，实为公学新学与旧体矛盾沉积之必然，其犹如学生社会“一声霹雳”，开中国学生反对专制，追求学业自由之大幕。其影响深远，既为交大深厚革命传统奠基，亦为全国学生界之楷模。紧随其后，浙江浔溪公学、江南陆师学堂、浙江大学堂纷纷发生学生退学、罢课、集会等系列反对封建专制斗争。梁启超曾盛赞其“必将为中国教育史上一最大纪念”。