壹基金儿童救助项目由爱心人士携手壹基金共同发起，项目创始理事包括：包凡、蔡文胜、陈劲松、陈彤、陈一舟、陈志武、邓飞、杜子建、冯小刚、高晓松、华楠、黄健翔、李承鹏、李开复、李想、林嘉喜、牧新明、倪正东、牛文文、沈浩波、沈南鹏、谭飞、唐伟、童家威、王静、吴鹰、谢文、熊晓鸽、徐茂栋、徐小平、薛蛮子、姚晨、阎炎、杨鹏、于建嵘、张宝艳、张醒生、张亚勤、赵文权、郑亚旗、郑渊洁等（按姓氏拼音顺序排列）。项目首期启动资金由壹基金出资20万元，陈劲松、华楠、李承鹏、王静、薛蛮子、于建嵘、徐小平等人出资52万元共同组成，共计人民币72万元。壹基金儿童救助项目下设理事会、监事会和管理委员会。其中管理委员会负责项目的日常管理，成员由陈劲松、李承鹏、唐伟、薛蛮子、杨鹏、于建嵘、张宝艳组成，李承鹏、薛蛮子和于建嵘同时担任管委会召集人。监事会由华楠、徐小平、张志伟组成。项目对外发言人由壹基金秘书长杨鹏担任。壹基金儿童救助项目将严格遵循国家法律、政策，在法治框架下活动，以建设性、合作性的原则配合相关政府部门的工作。壹基金将针对该项目设立项目专账，专款专用，公开透明，按时向社会公布资金使用情况，接受政府、捐赠人、志愿者及公众监督。项目的创始理事、管理委员会成员及监事成员均无偿为项目提供服务，不从项目专款中领取任何报酬。项目管理委员会成员平等参与，决策按照每人一票，投票表决多数决定的原则来决定。在2月19日的启动会议上，项目管理委员会明确近期项目方向为：通过建立丢失儿童数据库，为丢失儿童救助提供信息服务，同时通过个案救助，探索对乞讨儿童的救助方法。
深圳壹基金注册原始基金为5000万元，发起机构为
上海李连杰壹基金公益基金会、老牛基金会、
腾讯公益慈善基金会、万通公益基金会及
万科公益基金会，每家发起机构出资1000万元。深圳壹基金理事会由十一人组成（李连杰、周其仁、王石、柳传志、马蔚华、马云、马化腾、牛根生、冯仑、周惟彦、杨鹏），监事由四人组成（刘东华、宋立新、马宏、张敏）。周其仁担任深圳壹基金理事长和法人代表，王石担任执行理事长，马宏担任监事长，杨鹏担任秘书长。作为壹基金的创始人，李连杰将担任永久理事。深圳壹基金即是独立的法人机构，同时也是“红十字会壹基金计划”及“上海壹基金”的延续与发展，将严格按照国家法律及《章程》进行治理，理事会是决策机构，秘书处是执行机构。深圳壹基金于2011年1月11日召开第一届理事会并正式启动。