复旦大学科技考古研究院是复旦大学为加强自然科学与考古学交叉合作，率先突破生物考古和古代人工制品难关等而设立的二级研究机构。

2017年9月23日，复旦大学成立科技考古研究院。

科技考古是考古学的重要分支，主要应用自然科学技术手段解答考古学问题。

自1978年杨福家院士率先应用物理手段测试越王勾践剑成分肇始，复旦大学已有四十年的科技考古研究经验，并不断拓展研究领域，取得了一系列有价值的学术成果。该研究院的成立得到了中科院院士、中科院上海光机所研究员干福熹的支持，他通过研究考古出土玻璃制品复原中国古代玻璃技术发展史，为科技考古积累了成功经验。此外，复旦大学还开设了科技考古相关课程，持续不断为科技考古培养研究型人才，为科技考古研究院的成立奠定了坚实基础。