复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。
病因
1.肛瘘或脓肿的反复感染
在感染发生的早期阶段，病灶一般局限于肛周1个间隙，但随着感染加重，脓腔压力增高，感染播散至其他间隙，如向对侧通道扩散会形成马蹄形肛瘘，通常出现在肛门后部或者在前部通过会阴体播散，或向内外括约肌间间隙播散，形成高位瘘和括约肌上瘘。扩散发作越频繁，瘘管的位置就越高，支管也越多，治疗也会更加复杂。
2.手术操作不当导致肛瘘复杂化
手术治疗肛瘘中由于探查不仔细、人为造成内口或有残余支管等因素都可以造成简单肛瘘复杂化，特别是支管的遗留会导致伤口久不愈合或者愈合后复发，使问题复杂化，且需多次手术，瘢痕的形成也会加重再次手术的难度。
3.其他有关疾病的因素
复杂肛瘘可由全身系统性疾病引起，如克罗恩病累及肛门导致克罗恩病肛门，肛周多发瘘管；复杂肛瘘也可由局部因素造成，如骶前囊肿继发感染、化脓性汗腺炎，切开引流导致的“肛瘘”，虽反复切开挂线，但伤口仍不能愈合。还有患者因其他系统性疾病而影响伤口愈合，如糖尿病、肿瘤化疗、血液病等，使简单肛瘘长期不能愈合，也是导致复杂肛瘘的原因之一。
临床表现
1.流脓
肛门间歇性或持续性流脓。
2.肿痛
—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。
3.瘙痒
由于脓液或分泌物不断流出刺激肛周皮肤而引起潮湿、瘙痒，有时可伴发肛周湿疹。
4.全身症状
若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部肿痛，并可伴发热，畏寒等全身症状；外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。
检查
1.视诊
可见破溃外口，外口闭合者可触及硬结。有时按压瘘管，可有分泌物从外口处溢出。
2.触诊
通过触摸可了解瘘管管道的深浅，走向及内口的位置。高位肛瘘一般不易触及硬性条索。齿线附近内口多可摸到硬结或凹陷。
3.肛门镜检查
主要观察肛隐窝有无充血、凹陷、流脓。在治疗中可配合探针检查内口位置。
4.染色检查
肛内放置一块干纱布，将亚甲基蓝溶液从外口注入，如内口未闭合，则纱布着色，能帮助找到内口的位置。
5.磁共振成像检查（MRI）
MRI可准确显示肛瘘与内外括约肌、肛提肌的解剖关系及与肛门周围组织的关系，明确肛瘘侵犯内、外括约肌及肛提肌的位置、范围、程度，为肛瘘手术提供指导。
诊断
根据肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流史及临床表现，结合MRI检查可明确诊断。
治疗
1.药物治疗
复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的最有效方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。
（1）外治用活血消肿止痛洗剂坐浴，外涂金黄膏。
（2）使用抗生素急性发作期可以使用抗生素，但使用时间一般不要超过一周。
（3）中药内服用萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，伴发热者用仙方活命饮。
2.手术治疗
复杂肛瘘发病原因和形式多样，因此手术方式也样式繁多，如何合理利用一种或数种方法治疗同一患者，成为手术的关键。手术治疗的原则：①充分探查；②充分引流；③尽可能保存肛门的功能和外观。目前常用手术方式包括：
（1）切开术低位复杂肛瘘是临床最常见的复杂肛瘘，治疗相对简单，后遗症少，治愈率较高。手术方法是用探针查清瘘管走向及内口位置，一次性全部切开瘘管，剔除瘘管管壁及坏死组织，修剪创缘，引流通畅。该手术方法不会损伤肛直环，术后一般不会出现控便功能异常的情况。
（2）切除术多适用于已经纤维化的低位复杂肛瘘。用剪刀从瘘管底部完整游离外壁，将瘘管及内外口一并切除，也将瘘管周围的瘢痕组织切除，直到显露出健康组织。切除的目的是祛除腐肉，利于新肉生长。临床多与切开术联合使用。
（3）低切高挂法适用于高位的复杂肛瘘，此术式虽然会损伤部分括约肌，会有一定肛门畸形率，但治愈率较高，多数复杂肛瘘能彻底治愈，是目前临床一直沿用的经典方法。其特点是肛管直肠环以下部分直接切开，而肛管直肠环以上部分则采用挂线法。低切高挂法避免了剖开全部组织单纯挂线的痛苦，具有缩短疗程、减少瘢痕和损伤、保持功能良好等优点，临床应用疗效确切。
（4）双向等压引流术适用于高位的复杂肛瘘及马蹄形肛瘘。该手术采取半切割挂线，先切开内口，向上延伸0.5～1cm，向下延长至肛缘外。用止血钳自切口向高位瘘管上端探查到顶端，在顶端肠壁造口挂线，两端收拢，适当用力打结固定。瘘管腔内放置一根带侧孔的乳胶管并固定，便于术后引流和冲洗。术后7天左右拆除乳胶管。术后10天左右所挂丝线松弛，予以拆除。该方法有效保护肛管的核心结构“肛直环”术中不被完全切断，在保证疗效的前提下，有效保护了肛门功能。
（5）其他手术疗法近几年随着外科微创观念不断深入，生物科技的创新，生物补片修补内口、生物蛋白胶封堵瘘管等高科技医用生物材料逐步应用于复杂肛瘘的治疗中，有些手术并发症得到一定的控制，但也有新的问题不断产生，对于复杂肛瘘治疗临床医师一直在摸索中前进。
预后
1.手术的目的是缓解症状，改善生活质量，手术本身或多或少都会导致括约肌的损伤，瘢痕的形成，甚至排气、排便及肛门精细功能的异常。术前评估手术方案对预后尤为重要。
2.肛瘘是良性疾病，本身不会给患者带来生命危险，但若患者基础病较多不能耐受手术，不可盲目追求手术根治而忽视其可能带来的严重后果
3.复杂肛瘘有一定复发率。合并有糖尿病、白血病、克隆恩病、溃疡性结肠炎等疾病的患者，需同时积极治疗原发病以减少复发。
预防
1.临床医师要提高手术操作技能，避免术中遗留支管及窦道，尽可能一次性彻底清除病灶，提高治愈率。
2.养成良好的生活习惯，定时排便，每日排便后坐浴，保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。
3.积极治疗肛周脓肿及单纯肛瘘，以免延误病情，发展成复杂肛瘘，加大手术难度、延长愈合时间并严重影响肛门功能。